Hi Mark,<br><br>Thanks for your reply.<br><br>I used these: <br>&nbsp; 1. vmd em_out.gro&nbsp; <br>&nbsp; 2. use the &quot;load data into molecules...&quot;, select md1.trr, and then load<br>&nbsp; 3. when the anmination is finished, I can see some H-H bonds.
<br><br><br><br><div><span class="gmail_quote">2006/10/23, Mark Abraham &lt;<a href="mailto:mark.abraham@anu.edu.au">mark.abraham@anu.edu.au</a>&gt;:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
&gt; Hi All,<br>&gt;<br>&gt; I meet a problem in run MD: from the display of VMD, there are some H-H<br>&gt; bonds formed during the MD. All the bonds I wrote in .itp file are right,<br>&gt; except these new unexpected H-H bonds.&nbsp;&nbsp;(I generate the system from a
<br>&gt; smaller system, EM is ok,&nbsp;&nbsp;when running NTV, the problem comes. )&nbsp;&nbsp;Who can<br>&gt; give some suggestions? Thanks in advances.<br><br>Unless you opened the structure from a .tpr file, VMD can't even have<br>accessed your topology. It has its own heuristics for deciding whether to
<br>show a bond exists. See the VMD documentation for details. Whether these<br>close H-H contacts are a problem is for you to judge :-)<br><br>Mark<br><br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the
<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php
</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Sincerely yours,<br>**********************************************<br>Baofu Qiao, PhD<br>Frankfurt Institute for Advanced Studies<br>Max-von-Laue-Str. 1<br>60438 Frankfurt am Main, Germany TEL:+49-69-7984-7529
<br>**********************************************