I am new to gromacs and need help regarding interpratation of the results...where to look for<br><b><i>gmx-users-request@gromacs.org</i></b> wrote:<blockquote class="replbq" style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;"> Send gmx-users mailing list submissions to<br> gmx-users@gromacs.org<br><br>To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br> http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br> gmx-users-request@gromacs.org<br><br>You can reach the person managing the list at<br> gmx-users-owner@gromacs.org<br><br>When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>than "Re: Contents of gmx-users digest..."<br><br><br>Today's Topics:<br><br>   1. Re: indexing atoms (Erik Marklund)<br>   2. rdf (Claus Valka)<br>   3. potential oxiredution (Elias santos)<br>   4. Re: potential oxiredution (Mark Abraham)<br>   5. Re: problem in compiling
 g_velacc again under gromacs<br>      (Mark Abraham)<br>   6. Re: problem in compiling g_velacc again under gromacs (Qiao Baofu)<br>   7. Re: problem in compiling g_velacc again under gromacs (Qiao Baofu)<br>   8. pulldim vectors in pull code (Mauricio Sica)<br><br><br>----------------------------------------------------------------------<br><br>Message: 1<br>Date: Tue, 31 Oct 2006 09:39:01 +0100<br>From: Erik Marklund <erikm @xray.bmc.uu.se=""><br>Subject: Re: [gmx-users] indexing atoms<br>To: Discussion list for GROMACS users <gmx-users @gromacs.org=""><br>Message-ID: &lt;1162283942.28794.6.camel@jorn.bmc.uu.se&gt;<br>Content-Type: text/plain; charset=utf-8<br><br>You can sort the atoms according to position using grompp, but I don't<br>think that's the easiest solution. I would use awk or something along<br>those lines, to find all atoms within z=[4 5] nm and remove everything<br>except the indexes. Put a bracketed name on top of it all and violÃ&nbsp;, you<br>have
 turned them into an index group.<br><br>/Erik<br><br>On Tue, 2006-10-31 at 00:37 -0600, toma0052 wrote:<br>&gt; Hello,<br>&gt;      I have a question regarding indexing atoms for use with<br>&gt; non-equilibrium MD.  The manual says that I can select atoms by number or<br>&gt; type; I was wondering if there is a way in Gromacs to index atoms by<br>&gt; position with the simulation box.  I am looking to add an acceleration to<br>&gt; the solvent, but not the entire solvent.  Is there a way that I can specify<br>&gt; solvent molecules within a certain coordinate ie. a z-position from 4nm to<br>&gt; 5nm with the simulation box being 6nm in height?  I am looking to<br>&gt; accelerate solvent molecules near a lipid bilayer, but if a particular<br>&gt; solvent molecule diffuses too far from the bilayer, I no longer want it to<br>&gt; keep its fixed acceleration.  Is there any way that indexing by coordinates<br>&gt; is possible?<br>&gt; <br>&gt; Thank you,<br>&gt; Mike
 Tomasini<br>&gt; <br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>-- <br>Erik Marklund, PhD Student, Molecular Biopcysics group,<br>Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.<br>Husargatan 3, Box 596,          75124 Uppsala, Sweden<br>phone: +46 18 471 4537          fax: +46 18 511 755<br>erikm@xray.bmc.uu.se<br><br><br><br>------------------------------<br><br>Message: 2<br>Date: Tue, 31 Oct 2006 13:16:27 +0100 (CET)<br>From: Claus Valka <lastexile7gr @yahoo.de=""><br>Subject: [gmx-users] rdf<br>To: gmx-users@gromacs.org<br>Message-ID: &lt;20061031121627.71473.qmail@web26602.mail.ukl.yahoo.com&gt;<br>Content-Type: text/plain;
 charset=iso-8859-1<br><br>Title : radial distribution function, 31.10.06<br><br>      Hello, <br>      <br>      I am a new user of Gromacs (just started my<br>Phd), and<br>      I'm trying to calculate the partial radial<br>distibution functions <br>      for a system of polymer chains.<br>      <br>      In the topology file the system is described as <br>      <br>      1)  2 different types of chains <br>          (essentially similar in chemistry, with<br>different helicity)<br>      <br>      2)  C, H, CH3 atom types in each chain (3<br>different bead types)<br>      <br>      I would like to calculate the rdfs for the<br>partial correlations<br>      corresponding to pairs of the type<br>      <br>      a) C   - all   <br>      b) C   - C<br>      c) C   - CH3<br>      d) C   - H<br>      e) CH3 - H<br>      <br>      for   <br>      <br>      A) intra-pairs (same chain)  <br>      B) inter-pairs (different chains)<br>      C) any pair<br>      <br>      i.e., pair
 correlations A[a,b,c,d,e], B[...] and<br>so on,<br>      over all chains in the system. <br>       <br>      In the manual it is said that an index file is<br>needed <br>      How could I describe the groups in index file so<br>as to make these<br>      calculations in an efficient way? Is there any<br>easy way to describe<br>      various kind of desired 'pairing correlations'<br>in Gromacs?<br>      <br>      Any help would be appreciated,<br>      Nick<br><br><br>  <br>___________________________________________________________ <br>Telefonate ohne weitere Kosten vom PC zum PC: http://messenger.yahoo.de<br><br><br>------------------------------<br><br>Message: 3<br>Date: Tue, 31 Oct 2006 10:56:29 -0200<br>From: "Elias santos" <silvasantosster @gmail.com=""><br>Subject: [gmx-users] potential oxiredution<br>To: gmx-users <gmx-users @gromacs.org=""><br>Message-ID:<br> &lt;97baf6380610310456v6378b0dfj15ea88bdcef038fa@mail.gmail.com&gt;<br>Content-Type: text/plain;
 charset="iso-8859-1"<br><br>Hi!!<br> I have a question for you...<br>Some way to calculate the oxiredution potential (ORP) using the Gromacs<br>package?<br><br>Elias<br>-------------- next part --------------<br>An HTML attachment was scrubbed...<br>URL: http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20061031/fef95973/attachment-0001.html<br><br>------------------------------<br><br>Message: 4<br>Date: Wed, 01 Nov 2006 00:10:34 +1100<br>From: Mark Abraham <Mark.Abraham @anu.edu.au=""><br>Subject: Re: [gmx-users] potential oxiredution<br>To: Discussion list for GROMACS users <gmx-users @gromacs.org=""><br>Message-ID: &lt;45474B4A.6080206@anu.edu.au&gt;<br>Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed<br><br>Elias santos wrote:<br><br>&gt; Some way to calculate the oxiredution potential (ORP) using the Gromacs <br>&gt; package?<br><br>No, since you can't simulate a system with MD that's large enough that <br>such a bulk observable would be at all
 meaningful - and even then you'd <br>get out the answer you put in by choosing the solutes.<br><br>Mark<br><br><br>------------------------------<br><br>Message: 5<br>Date: Wed, 01 Nov 2006 00:19:05 +1100<br>From: Mark Abraham <Mark.Abraham @anu.edu.au=""><br>Subject: Re: [gmx-users] problem in compiling g_velacc again under<br> gromacs<br>To: Discussion list for GROMACS users <gmx-users @gromacs.org=""><br>Message-ID: &lt;45474D49.9000907@anu.edu.au&gt;<br>Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed<br><br>Qiao Baofu wrote:<br>&gt; Hi all,<br>&gt; <br>&gt; I want to comile the g_velacc again. I copy the original  gmx_velacc.c <br>&gt; and autocorr.c into a new directory, and then comile the gmx_velacc.c, <br>&gt; but it gives the following complains, and then exits. (I didn't change <br>&gt; anything in the two files!!)  How to solve it? Thanks a lot.<br><br>Does it work if you do it in the same directory? That's got to be
 cleaner...<br><br>Mark<br><br><br>------------------------------<br><br>Message: 6<br>Date: Tue, 31 Oct 2006 15:07:26 +0100<br>From: "Qiao Baofu" <qiaobf @gmail.com=""><br>Subject: Re: [gmx-users] problem in compiling g_velacc again under<br> gromacs<br>To: "Discussion list for GROMACS users" <gmx-users @gromacs.org=""><br>Message-ID:<br> &lt;6a91f07b0610310607r1c6b6c93lc042a1f04df1e736@mail.gmail.com&gt;<br>Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<br><br>Hi,<br><br>I compile it again in the source folder   ~/src/tool/ and the installation<br>folder  ~/gromacs/bin.  It give the same complains.<br><br>What can I do?<br><br><br>2006/10/31, Mark Abraham <Mark.Abraham @anu.edu.au="">:<br>&gt;<br>&gt; Qiao Baofu wrote:<br>&gt; &gt; Hi all,<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; I want to comile the g_velacc again. I copy the original  gmx_velacc.c<br>&gt; &gt; and autocorr.c into a new directory, and then comile the gmx_velacc.c,<br>&gt; &gt; but it gives the following complains, and
 then exits. (I didn't change<br>&gt; &gt; anything in the two files!!)  How to solve it? Thanks a lot.<br>&gt;<br>&gt; Does it work if you do it in the same directory? That's got to be<br>&gt; cleaner...<br>&gt;<br>&gt; Mark<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>&gt;<br><br><br><br>-- <br>Sincerely yours,<br>**********************************************<br>Baofu Qiao, PhD<br>Frankfurt Institute for Advanced Studies<br>Max-von-Laue-Str. 1<br>60438 Frankfurt am Main, Germany TEL:+49-69-7984-7529<br>**********************************************<br>-------------- next part --------------<br>An HTML attachment was scrubbed...<br>URL:
 http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20061031/472f21b5/attachment-0001.html<br><br>------------------------------<br><br>Message: 7<br>Date: Tue, 31 Oct 2006 16:19:14 +0100<br>From: "Qiao Baofu" <qiaobf @gmail.com=""><br>Subject: Re: [gmx-users] problem in compiling g_velacc again under<br> gromacs<br>To: "Discussion list for GROMACS users" <gmx-users @gromacs.org=""><br>Message-ID:<br> &lt;6a91f07b0610310719ne37ed8x5684ea3327cc2426@mail.gmail.com&gt;<br>Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<br><br>I think the problem is because I compile Gromacs under 64-bite model.  the<br>g_velacc.c can not be recognized under 64 bite model.<br><br>But when I compile it under 32-bite it gives the following complains. On the<br>other hand I am not sure  whether a file (which is ok under 32-bite system )<br>can be copied  to 64-bite system.<br><br>/usr/bin/ld: skipping incompatible /home/fias/qiao/Gromacs//lib/libmd.a when<br>searching for -lmd<br>/usr/bin/ld:
 skipping incompatible /home/fias/qiao/Gromacs//lib/libmd.a when<br>searching for -lmd<br>/usr/bin/ld: cannot find -lmd<br>collect2: ld returned 1 exit status<br><br><br><br><br>2006/10/31, Qiao Baofu <qiaobf @gmail.com="">:<br>&gt;<br>&gt; Hi,<br>&gt;<br>&gt; I compile it again in the source folder   ~/src/tool/ and the installation<br>&gt; folder  ~/gromacs/bin.  It give the same complains.<br>&gt;<br>&gt; What can I do?<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; 2006/10/31, Mark Abraham &lt; Mark.Abraham@anu.edu.au&gt;:<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Qiao Baofu wrote:<br>&gt; &gt; &gt; Hi all,<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; I want to comile the g_velacc again. I copy the original  gmx_velacc.c<br>&gt; &gt; &gt; and autocorr.c into a new directory, and then comile the gmx_velacc.c,<br>&gt; &gt; &gt; but it gives the following complains, and then exits. (I didn't change<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; anything in the two files!!)  How to solve it? Thanks a lot.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Does
 it work if you do it in the same directory? That's got to be<br>&gt; &gt; cleaner...<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Mark<br>&gt; &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt; gmx-users mailing list     gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>&gt; &gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; --<br>&gt; Sincerely yours,<br>&gt; **********************************************<br>&gt; Baofu Qiao, PhD<br>&gt; Frankfurt Institute for Advanced Studies<br>&gt; Max-von-Laue-Str. 1<br>&gt; 60438 Frankfurt am Main, Germany TEL:+49-69-7984-7529<br>&gt; **********************************************<br>&gt;<br><br><br><br>-- <br>Sincerely yours,<br>**********************************************<br>Baofu Qiao,
 PhD<br>Frankfurt Institute for Advanced Studies<br>Max-von-Laue-Str. 1<br>60438 Frankfurt am Main, Germany TEL:+49-69-7984-7529<br>**********************************************<br>-------------- next part --------------<br>An HTML attachment was scrubbed...<br>URL: http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20061031/0c495e5d/attachment-0001.html<br><br>------------------------------<br><br>Message: 8<br>Date: Tue, 31 Oct 2006 17:21:57 -0300<br>From: "Mauricio Sica" <msica @unq.edu.ar=""><br>Subject: [gmx-users] pulldim vectors in pull code<br>To: <gmx-users @gromacs.org=""><br>Message-ID: &lt;003d01c6fd2a$3f3b9140$3800020a@CYT032&gt;<br>Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<br><br>Dear users<br><br>I have the following problem. I'm using the pull code to bring near two<br>peptides initially 2.7 nm apart. The problem is that the run crush when I<br>choose "pulldim = Y Y Y or Y N N ", but doesn't when I use N N Y. I can't<br>understand what's
 wrong.<br>Maybe I don't understand what's the vector I am choosing in pulldim option.<br>I know it is the x, y or z axis. But is it a box vector? A distance vector?<br>In this case, why x, y and z if distance is one-dimensional? It was not<br>clear (at least for me) in the manuals (3.2 or<br>3.3)<br><br>Thanks in advance<br><br>My pull.ppa is<br>---------------<br>verbose = no<br>Skip steps = 10<br>runtype = constraint<br>ngroups = 1<br>group_1 =  G1<br>reference_group = GR<br>reftype = com_t0<br>reflag = 1<br>pulldim = Y Y Y or N N Y or Y N N ; the three options I used. Only N N Y<br>worked<br>constraint_direction = 0.0 0.0 0.0<br>constraint_distance1 =<br>constraint_rate1 = -0.00007<br>constraint_tolerance = 0.1<br><br><br>Dr. Mauricio Pablo Sica<br>Laboratorio de Expresión y Plegado Proteico (LEPP)<br>Dpto. de Ciencia y Tecnología<br>Universidad Nacional de Quilmes (UNQ)<br>R. Saenz Peña 352 (B1876BXF)<br>Bernal, Pcia de Buenos
 Aires<br>Argentina<br><br><br><br><br><br>------------------------------<br><br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list<br>gmx-users@gromacs.org<br>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br><br><br>End of gmx-users Digest, Vol 30, Issue 75<br>*****************************************<br></gmx-users></msica></qiaobf></gmx-users></qiaobf></Mark.Abraham></gmx-users></qiaobf></gmx-users></Mark.Abraham></gmx-users></Mark.Abraham></gmx-users></silvasantosster></lastexile7gr></gmx-users></erikm></blockquote><br><p>&#32;
        

        
                <hr size=1></hr> 
Find out what India is talking about on  - <a href="http://us.rd.yahoo.com/mail/in/yanswers/*http://in.answers.yahoo.com/">Yahoo! Answers India</a> <BR> 
Send FREE SMS to your friend's mobile from Yahoo! Messenger Version 8. <a href="http://us.rd.yahoo.com/mail/in/messengertagline/*http://in.messenger.yahoo.com">Get it NOW</a>