<div>Dear GMX-users,</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>I am trying to setup the normal mode analysis, using mdrun to generate hessian matrix and g_nmeig to do the analysis. However, I am confused about the mass-weighting treatment related to these two programs. </div>
<div>question 1:&nbsp; is the hessian matrix output from mdrun (nm.mtx) mass-weighted or not? </div>
<div>question 2: My understanding is that the nm.mtx from mdrun is not mass-weighted. Thus, I have to use the default setting of g_nmeig&nbsp; (-m yes) to devide the hessian matrix by the product of sqrt(m1*m2) (see line 145 in gmx_nmeig.c of 
3.3.1). With this setting (-m yes),&nbsp;g_nmeig will mass-scale the eigenvector output to plain cartesian form (see line 162 in gmx_nmeig.c of 3.3.1), but the eigenvectors are not orthogonal anymore. If I still want the hessien matrix to be mass-weighted but without mass-scaling to the eigenvector output, I have manually turn off the second &quot;bM&quot; flag in gmx_nmeig.c (line 162 in gmx_nmeig.x)?
</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>Thank you in advance.</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>Lei Zhou</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>&nbsp;</div>