<div>hello Tsjerk:</div>
<div>Thank you very much! That does work, but another problem appeared as following:</div>
<div>creating statusfile for 1 node...<br>checking input for internal consistency...<br>calling /lib/cpp...<br>processing topology...<br>Generated 1284 of the 1485 non-bonded parameter combinations<br>WARNING 1 [file &quot;
com.top&quot;, line 519]:<br>&nbsp; Too few parameters on line (source file toppush.c, line 932)<br>WARNING 2 [file &quot;com.top&quot;, line 520]:<br>&nbsp; Too few parameters on line (source file toppush.c, line 932)<br>processing coordinates...
<br>Fatal error: number of coordinates in coordinate file (com_wat.gro, 2837)<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; does not match topology (com.top, 0)<br>actually i only perform the following:</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0pt"><span lang="EN-US"><font face="Times New Roman">editconf 每bt cubic 每f com.gro 每o com_box.gro 每d 0.8</font></span></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0pt"><span lang="EN-US"><font face="Times New Roman">genbox 每cp com_box.gro 每cs spc216.gro &nbsp;每p com.top 每o com_wat.gro</font></span></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0pt"><span lang="EN-US"><font face="Times New Roman">grompp 每f em.mdp 每c com_wat.gro 每p com.top 每o com_em.tpr</font></span></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0pt"><span lang="EN-US"><font face="Times New Roman">and my com.gro file was as following:</font></span></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0pt"><span lang="EN-US">PRODRG COORDS<br>&nbsp;&nbsp; 80<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; CAH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; -0.832&nbsp; -0.624&nbsp; -0.960<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; CAS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp; -0.746&nbsp; -0.538&nbsp; -0.867<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; CAT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; -0.710&nbsp; -0.410&nbsp; -
0.942<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; CBI&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp; -0.621&nbsp; -0.618&nbsp; -0.830<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; CCF&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp; -0.555&nbsp; -0.585&nbsp; -0.694<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; CCG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp; -0.647&nbsp; -0.615&nbsp; -0.575<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; OCU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp; -0.750&nbsp; -0.706&nbsp; -0.587<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; OBJ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp; -
0.629&nbsp; -0.560&nbsp; -0.467<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; NCE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp; -0.506&nbsp; -0.445&nbsp; -0.688<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; HAG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp; -0.556&nbsp; -0.385&nbsp; -0.626<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; CCD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp; -0.401&nbsp; -0.405&nbsp; -0.761<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; OBH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp; -0.345&nbsp; -0.480&nbsp; -0.843<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; CCC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp; -
0.347&nbsp; -0.263&nbsp; -0.745<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; CBG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp; -0.439&nbsp; -0.163&nbsp; -0.817<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; CAQ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15&nbsp; -0.381&nbsp; -0.024&nbsp; -0.851<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; CAG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16&nbsp; -0.248&nbsp; -0.030&nbsp; -0.926<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; CAR&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp; -0.363&nbsp;&nbsp; 0.065&nbsp; -0.727<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; NCB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18&nbsp; -
0.326&nbsp; -0.229&nbsp; -0.603<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; HAF&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp; -0.405&nbsp; -0.241&nbsp; -0.543<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; CCA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp; -0.206&nbsp; -0.185&nbsp; -0.563<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; OBF&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21&nbsp; -0.113&nbsp; -0.159&nbsp; -0.640<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; CBZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22&nbsp; -0.187&nbsp; -0.168&nbsp; -0.413<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; CBE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23&nbsp; -
0.126&nbsp; -0.302&nbsp; -0.370<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; CAO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24&nbsp; -0.241&nbsp; -0.394&nbsp; -0.332<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; OAF&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 25&nbsp; -0.338&nbsp; -0.339&nbsp; -0.274<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; OAP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26&nbsp; -0.230&nbsp; -0.514&nbsp; -0.360<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; NBY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 27&nbsp; -0.106&nbsp; -0.046&nbsp; -0.388<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; HAE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28&nbsp; -
0.084&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp; -0.473<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; CBX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29&nbsp; -0.062&nbsp;&nbsp; 0.009&nbsp; -0.273<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; OBD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 30&nbsp; -0.012&nbsp;&nbsp; 0.122&nbsp; -0.272<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; CBW&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 31&nbsp; -0.067&nbsp; -0.063&nbsp; -0.137<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; CBC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 32&nbsp;&nbsp; 0.078&nbsp; -0.071&nbsp; -0.084<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; CAN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 33&nbsp;&nbsp; 
0.164&nbsp; -0.170&nbsp; -0.163<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; CBB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 34&nbsp;&nbsp; 0.089&nbsp; -0.114&nbsp;&nbsp; 0.063<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; NBV&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 35&nbsp; -0.154&nbsp;&nbsp; 0.013&nbsp; -0.045<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; HAD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 36&nbsp; -0.131&nbsp;&nbsp; 0.111&nbsp; -0.043<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; CBU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 37&nbsp; -0.254&nbsp; -0.032&nbsp;&nbsp; 0.032<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; OBA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 38&nbsp; -
0.296&nbsp;&nbsp; 0.039&nbsp;&nbsp; 0.123<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; CBT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 39&nbsp; -0.315&nbsp; -0.174&nbsp;&nbsp; 0.014<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; CAZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40&nbsp; -0.241&nbsp; -0.277&nbsp;&nbsp; 0.099<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; CAL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 41&nbsp; -0.206&nbsp; -0.403&nbsp;&nbsp; 0.018<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; CAE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 42&nbsp; -0.326&nbsp; -0.495&nbsp; -0.002<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; CAM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 43&nbsp; -
0.094&nbsp; -0.481&nbsp;&nbsp; 0.088<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; NBS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 44&nbsp; -0.452&nbsp; -0.166&nbsp;&nbsp; 0.069<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; HAC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 45&nbsp; -0.449&nbsp; -0.181&nbsp;&nbsp; 0.167<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; CBR&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 46&nbsp; -0.575&nbsp; -0.144&nbsp;&nbsp; 0.017<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; OAY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 47&nbsp; -0.666&nbsp; -0.135&nbsp;&nbsp; 0.100<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; CBQ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 48&nbsp; -
0.618&nbsp; -0.126&nbsp; -0.131<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; CAX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 49&nbsp; -0.520&nbsp; -0.056&nbsp; -0.228<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; CAJ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 50&nbsp; -0.533&nbsp;&nbsp; 0.096&nbsp; -0.242<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; CAD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 51&nbsp; -0.499&nbsp;&nbsp; 0.173&nbsp; -0.114<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; CAK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 52&nbsp; -0.673&nbsp;&nbsp; 0.137&nbsp; -0.289<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; NBP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 53&nbsp; -
0.666&nbsp; -0.245&nbsp; -0.201<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; HAB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 54&nbsp; -0.595&nbsp; -0.302&nbsp; -0.244<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 55&nbsp; -0.797&nbsp; -0.274&nbsp; -0.207<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 56&nbsp; -0.872&nbsp; -0.267&nbsp; -0.109<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 57&nbsp; -0.856&nbsp; -0.322&nbsp; -0.340<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 58&nbsp; -
0.777&nbsp; -0.276&nbsp; -0.463<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; CG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 59&nbsp; -0.821&nbsp; -0.140&nbsp; -0.516<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; CD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 60&nbsp; -0.725&nbsp; -0.105&nbsp; -0.629<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; OE2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 61&nbsp; -0.635&nbsp; -0.023&nbsp; -0.602<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; OE1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 62&nbsp; -0.741&nbsp; -0.164&nbsp; -0.738<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 63&nbsp; -
0.871&nbsp; -0.467&nbsp; -0.358<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; HAA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 64&nbsp; -0.795&nbsp; -0.522&nbsp; -0.325<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; CBL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 65&nbsp; -0.981&nbsp; -0.519&nbsp; -0.414<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; OAU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 66&nbsp; -1.093&nbsp; -0.467&nbsp; -0.410<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; CBK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 67&nbsp; -0.968&nbsp; -0.654&nbsp; -0.484<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; CCT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 68&nbsp; -
0.833&nbsp; -0.725&nbsp; -0.469<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; CCS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 69&nbsp; -0.860&nbsp; -0.875&nbsp; -0.449<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; CCR&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 70&nbsp; -0.929&nbsp; -0.913&nbsp; -0.316<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; CCQ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 71&nbsp; -0.842&nbsp; -0.888&nbsp; -0.192<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; CCP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 72&nbsp; -0.880&nbsp; -0.760&nbsp; -0.116<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; CCO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 73&nbsp; -
0.763&nbsp; -0.714&nbsp; -0.029<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; CCN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 74&nbsp; -0.792&nbsp; -0.577&nbsp;&nbsp; 0.034<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; CCM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 75&nbsp; -0.676&nbsp; -0.523&nbsp;&nbsp; 0.119<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; CCL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 76&nbsp; -0.670&nbsp; -0.578&nbsp;&nbsp; 0.263<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; CCK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 77&nbsp; -0.593&nbsp; -0.710&nbsp;&nbsp; 0.282<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; CCJ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 78&nbsp; -
0.440&nbsp; -0.698&nbsp;&nbsp; 0.279<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; CCI&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 79&nbsp; -0.385&nbsp; -0.625&nbsp;&nbsp; 0.402<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DRG&nbsp; CCH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 80&nbsp; -0.232&nbsp; -0.622&nbsp;&nbsp; 0.401<br>&nbsp;&nbsp; 1.51200&nbsp;&nbsp; 1.51200&nbsp;&nbsp; 1.51200<br>Thank you very much!</span></p></div>