Hi Tsjerk, <br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Thanks for the hint. :-) I will check the compatability of isotropic scaling and parinello-rahman method. Thanks!<br><br>Liang<br><br><div><span class="gmail_quote">On 11/2/06, <b class="gmail_sendername">
Tsjerk Wassenaar</b> &lt;<a href="mailto:tsjerkw@gmail.com">tsjerkw@gmail.com</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hi Liang,<br><br>I'm not completely sure on this one, but isn't parinello-rahman per<br>definition anisotropic? Check the manual.<br>Regarding the second question, my usual answer is &quot;there's no such<br>thing as a box in the infinite simulation system&quot;. There's only the
<br>lattice, which is defined by three vectors. But whether the shape of<br>the unit cell is allowed to change depends on the pressure coupling<br>you use. When using isotropic pressure coupling you're using a scalar<br>to scale the box vectors and your box shape (the angles between your
<br>vectors and the relative lengths) will be retained. But if I recall<br>correctly, parinello-rahman works by changing the box vectors based on<br>the &quot;velocities&quot; of these box vectors, which are scaled at every step
<br>to relax to the desired pressure. Thus, anisotropic pressure scaling.<br>You could try to use Berendsen pressure coupling.<br><br>Best,<br><br>Tsjerk<br><br><br>On 11/2/06, Liang Ma &lt;<a href="mailto:liang.ma.1983@gmail.com">
liang.ma.1983@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>&gt; Hi Tsjerk,<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Thanks for you fast reply. :-):-) Yes, I indeed used the isotropic<br>&gt; pressure scaling method.&nbsp;&nbsp;That's why I found it's surpring that one<br>&gt; dimension of my system actually shrinked. Is there any other possible reason
<br>&gt; for this? Or, is there any constraint to keep the box shape always<br>&gt; rhdo-like?&nbsp;&nbsp;If not, does gromacs always treat rhdo as triclinic and the box<br>&gt; shaple actually is free to change?<br>&gt;<br>&gt;<br>
&gt; Thanks a lot!<br>&gt;<br>&gt; Liang<br>&gt;<br>&gt; This is my grompp file:<br>&gt;<br>&gt; ; title and include files<br>&gt; title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= salt<br>&gt; cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= cpp<br>&gt; include&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=
<br>&gt; -I/home/ma/gromacs/share/gromacs/top -I./<br>&gt; define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =<br>&gt; ; integrator and input/output setting up<br>&gt; integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = md<br>&gt; nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 600000 ; 1.2 ns equilibration
<br>&gt; dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.002<br>&gt; nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= 5000<br>&gt; nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= 5000<br>&gt; nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= 500<br>&gt; nstxtcout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= 500<br>&gt; nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 500
<br>&gt; xtc_grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = System<br>&gt; energygrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = System<br>&gt; comm_mode&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= none<br>&gt; ; neighbor searching and vdw/pme setting up<br>&gt; nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= 10<br>&gt; ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= grid
<br>&gt; pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= xyz<br>&gt; rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= 1.4<br>&gt;<br>&gt; coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= pme<br>&gt; fourierspacing&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.1<br>&gt; pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= 6<br>&gt; rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 
1.4<br>&gt;<br>&gt; vdwtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= switch<br>&gt; rvdw_switch&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= 1.0<br>&gt; rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.2<br>&gt;<br>&gt; ; cpt control<br>&gt; tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = nose-hoover<br>&gt; tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= System
<br>&gt; tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= 0.1<br>&gt; ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= 300<br>&gt; Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = parrinello-rahman<br>&gt; pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = isotropic<br>&gt; tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= 1.0<br>&gt; compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= 
4.5e-5<br>&gt; ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= 1.0<br>&gt;<br>&gt; ; velocity &amp; temperature control<br>&gt; gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= no<br>&gt; gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 300<br>&gt; annealing&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= no<br>&gt; constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= hbonds
<br>&gt; constraint_algorithm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = shake<br>&gt; morse&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= no<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; On 11/2/06, Tsjerk Wassenaar &lt; <a href="mailto:tsjerkw@gmail.com">tsjerkw@gmail.com</a>&gt; wrote:
<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Hi Liang,<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Apparently, your system contracted in one direction. You can avoid<br>&gt; &gt; this by simulating at constant volume or by using isotropic pressure<br>&gt; &gt; coupling.
<br>&gt; &gt; Your protein should not have direct interactions with its periodic<br>&gt; &gt; images during the simulation. This usually means you can discard your<br>&gt; &gt; results.<br>&gt; &gt; The last two values are the x and y skewing of the third vector
<br>&gt; &gt; defining your periodic lattice (the periodic boundary conditions).<br>&gt; &gt; Likewise, the first two zeros are the y and z skewing of the first<br>&gt; &gt; vector and the other two zeros are the x and z skewing of the second
<br>&gt; &gt; vector. You can check chapter 3 of the gromacs manual to get to know<br>&gt; &gt; more about periodic boundary conditions in gromacs.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Best,<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Tsjerk<br>&gt; &gt;
<br>&gt; &gt; On 11/2/06, Liang Ma &lt;<a href="mailto:liang.ma.1983@gmail.com">liang.ma.1983@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>&gt; &gt; &gt; Hi all gromacs users,<br>&gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;I am simulating a protein in explicit solvent with Periodic
<br>&gt; boundary<br>&gt; &gt; &gt; condition and PME . The box type I used<br>&gt; &gt; &gt; is rhdo (rhombic dodecahedron). However, I checked the box length and<br>&gt; angle<br>&gt; &gt; &gt; during simulations,&nbsp;&nbsp;it&nbsp;&nbsp;deviates far away from the normal rhdo box
<br>&gt; shape.<br>&gt; &gt; &gt; For example, the third line&nbsp;&nbsp;in&nbsp;&nbsp;pdb&nbsp;&nbsp;at the beginning is :<br>&gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;CRYST1&nbsp;&nbsp; 90.093&nbsp;&nbsp; 90.093&nbsp;&nbsp; 90.093&nbsp;&nbsp;60.00&nbsp;&nbsp;60.00&nbsp;&nbsp;90.00 P 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>&gt; &gt; &gt; which is a perfect rhdo box.
<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; During the simulation, it changed to:<br>&gt; &gt; &gt; CRYST1&nbsp;&nbsp; 89.503&nbsp;&nbsp; 89.503&nbsp;&nbsp; 68.425 105.59 105.59&nbsp;&nbsp;90.00 P 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>&gt; &gt; &gt; ,which is not rhdo.<br>&gt; &gt; &gt; Meanwhile, the distance between the protein and its nearst image
<br>&gt; decreased<br>&gt; &gt; &gt; dramatically, (they even touched).<br>&gt; &gt; &gt; So my question is this normal? If not, is there any way to constraint<br>&gt; the<br>&gt; &gt; &gt; box always in a rhdo box shape (a=b=c)
<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; And also,<br>&gt; &gt; &gt; the last line in the gro file changed to:<br>&gt; &gt; &gt; 8.95030&nbsp;&nbsp; 8.95030&nbsp;&nbsp; 6.32914&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp; 0.00000<br>&gt; &gt; &gt; -1.83879&nbsp;&nbsp;-
1.83879<br>&gt; &gt; &gt; what does the last two negative values exactly mean?<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;Thanks for any help!<br>&gt; &gt; &gt; Liang<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; _______________________________________________
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Ph.D.<br>&gt; &gt; post-doc<br>&gt; &gt; NMR, Utrecht University,<br>&gt; &gt; Padualaan 8,<br>&gt; &gt; 3584 CH Utrecht, the Netherlands<br>&gt; &gt; P: +31-30-2539931<br>&gt; &gt; F: +31-30-2537623<br>&gt; &gt; _______________________________________________
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