Hi all gromacs users,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I am simulating a protein in explicit solvent with Periodic boundary condition and PME . The box type I used <br>is rhdo (rhombic dodecahedron). However, I checked the box length and angle during simulations,&nbsp; it&nbsp; deviates far away from the normal rhdo box shape.&nbsp; For example, the third line&nbsp; in&nbsp; pdb&nbsp; at the beginning is :
<br>&nbsp;CRYST1&nbsp;&nbsp; 90.093&nbsp;&nbsp; 90.093&nbsp;&nbsp; 90.093&nbsp; 60.00&nbsp; 60.00&nbsp; 90.00 P 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>which is a perfect rhdo box.<br>&nbsp;<br>During the simulation, it changed to:<br>CRYST1&nbsp;&nbsp; 89.503&nbsp;&nbsp; 89.503&nbsp;&nbsp; 68.425 105.59 105.59&nbsp; 90.00 P 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1
<br>,which is not rhdo. <br>Meanwhile, the distance between the protein and its nearst image decreased dramatically, (they even touched).<br>So my question is this normal? If not, is there any way to constraint the box always in a rhdo box shape (a=b=c)
<br><br>And also, <br>the last line in the gro file changed to:<br>8.95030&nbsp;&nbsp; 8.95030&nbsp;&nbsp; 6.32914&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp; -1.83879&nbsp; -1.83879<br>what does the last two negative values exactly mean?<br><br><br>
Thanks for any help!<br>Liang<br>