Hi all,<br><br>After running a MD of a system with about 17000 atoms, I calculated the potential and the total-energy:<br><br>*************************************************************************************<br>Last frame read 1557952 time 
1557.952<br><br>Statistics over 1557953 steps [ 0.0000 thru 1557.9520 ps ], 2 data sets<br><br>Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Average&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RMSD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Fluct.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Drift&nbsp; Tot-Drift<br>-------------------------------------------------------------------------------
<br>Potential&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -273047&nbsp;&nbsp;&nbsp; 626.559&nbsp;&nbsp;&nbsp; 611.258&nbsp; -0.305998&nbsp;&nbsp; -476.731<br>Total-Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -184656&nbsp;&nbsp;&nbsp; 839.662&nbsp;&nbsp;&nbsp; 828.307&nbsp; -0.305999&nbsp;&nbsp; -476.731<br>*************************************************************************************
<br><br>I found that the Fluct./Average is 0.45% (Total-Energy), 0.22%(Potential). In the simulation, the time step is 0.001ps, and I saved the energy every step.&nbsp; <br><br>On the other hand, on page 98 of the book &quot;Computer Simulation of Liquids&quot; (M. P. Allen &amp; D. J. Tildesley), it is said &quot;For a simple Lennard-Jones system, fluctuation of order 1 part in 10^4 are generally considered to be acceptable.&quot;&nbsp; 
<br><br>The ratio obtained from Gromacs are quite bigger.&nbsp; Therefore, I want to know if there are any standard for different system to check whether the system are accetable or not.<br><br><br>PS: Another question: I found only when the energy data are divided by the number of the molecules, the obtained result are consistent with the date in some related papers. In Gromacs, the unit of energy is KJ/mol. If divided by the number of molecules, how to consider the unit? 
<br><br><br>Thanks for any suggestions!<br><br clear="all"><br><br>Sincerely yours,<br>Baofu Qiao, PhD<br><br>