Hi <br><br>I am trying to simulate a protein DNA complex but I am stuck at the pdb2gmx stage as it gets stuck when it encounters a nucleotide.<br><br clear="all">Program pdb2gmx, VERSION 3.3<br>Source code file: resall.c, line: 438
<br><br>Fatal error:<br>Residue 'C' not found in residue topology database<br><br>The pdb segment is as follows:<br><br>ATOM&nbsp;&nbsp; 1239&nbsp; NZ&nbsp; LYS B 513&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -24.159&nbsp; 16.372 -25.774&nbsp; 1.00 51.42&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 1249&nbsp; N1&nbsp;&nbsp;&nbsp; C C&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -
10.253&nbsp;&nbsp; 8.018&nbsp; 40.704&nbsp; 1.00 25.86&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N<br><br>Has anyone encountered this problem before?<br><br>Regards<br>Debo<br><br>-- <br>---------------------------------------------<br>Debojyoti Dutta, PhD (USC)<br><a href="http://catarina.usc.edu/~ddutta">
http://catarina.usc.edu/~ddutta</a>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>---------------------------------------------<br>