I did again two group of tests, as follows.&nbsp; But I don't know how to submit a bugzilla.<br><br><br><font size="4"><span style="font-weight: bold;">Test 1.</span></font><br><br>g_energy -f md3.edr<br><br>Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Average&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RMSD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Fluct.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Drift&nbsp; Tot-Drift
<br>-------------------------------------------------------------------------------<br>Bond&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1370.47&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 64.952&nbsp;&nbsp;&nbsp; 64.8116&nbsp; 0.0295732&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.7866<br>Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3541.69&nbsp;&nbsp;&nbsp; 99.9164&nbsp;&nbsp;&nbsp; 99.9059
&nbsp; 0.0100593&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.02964<br>LJ-(SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -3601.66&nbsp;&nbsp;&nbsp; 151.232&nbsp;&nbsp;&nbsp; 131.574&nbsp; -0.516572&nbsp;&nbsp; -258.287<br>Coulomb-(SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -10883&nbsp;&nbsp;&nbsp; 143.406&nbsp;&nbsp;&nbsp; 134.139&nbsp; -0.351347&nbsp;&nbsp; -175.674<br>Potential&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -30962.9
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 304.081&nbsp;&nbsp;&nbsp; 265.607&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.0257&nbsp;&nbsp;&nbsp; -512.85<br>Total-Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -22436.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 287.863&nbsp;&nbsp;&nbsp; 245.635&nbsp;&nbsp; -1.03989&nbsp;&nbsp; -519.945<br><br><br>g_energy -nmol 115 -f md3.edr<br><br>Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Average&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RMSD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Fluct.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Drift&nbsp; Tot-Drift
<br>-------------------------------------------------------------------------------<br>Bond&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11.9171&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.5648&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 0.0295732&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.7866<br>Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 30.7973&nbsp;&nbsp; 0.868838&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 
0.0100593&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.02964<br>LJ-(SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -3601.66&nbsp;&nbsp;&nbsp; 151.232&nbsp;&nbsp;&nbsp; 131.574&nbsp; -0.516572&nbsp;&nbsp; -258.287<br>Coulomb-(SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -10883&nbsp;&nbsp;&nbsp; 143.406&nbsp;&nbsp;&nbsp; 134.139&nbsp; -0.351347&nbsp;&nbsp; -175.674<br>Potential&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -269.242
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.64418&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.0257&nbsp;&nbsp;&nbsp; -512.85<br>Total-Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -22436.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 287.863&nbsp;&nbsp;&nbsp; 245.635&nbsp;&nbsp; -1.03989&nbsp;&nbsp; -519.945<br><br><font size="4"><span style="font-weight: bold;">Test 2.</span></font><br><br>g_energy -f 
md3.edr<br><br>Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Average&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RMSD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Fluct.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Drift&nbsp; Tot-Drift<br>-------------------------------------------------------------------------------<br>Bond&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 27255.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 288.517
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 287.731&nbsp;&nbsp; 0.147486&nbsp;&nbsp;&nbsp; 73.7433<br>Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 30206.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 299.196&nbsp;&nbsp;&nbsp; 299.151 -0.0361126&nbsp;&nbsp; -18.0563<br>LJ-(SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -27021.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1153.88&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1015.89&nbsp;&nbsp;&nbsp; -3.7911&nbsp;&nbsp; -1895.55<br>Coulomb-(SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -116585&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
1327.11&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1120.39&nbsp;&nbsp; -4.92805&nbsp;&nbsp; -2464.03<br>Potential&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -271448&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2889.94&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2444.54&nbsp;&nbsp; -10.6792&nbsp;&nbsp; -5339.61<br>Total-Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -183054&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2912.13&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2478.91&nbsp;&nbsp;&nbsp; -10.588&nbsp;&nbsp; -5293.99<br><br><br>g_energy -nmol 981 -f 
md3.edr<br><br>Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Average&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RMSD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Fluct.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Drift&nbsp; Tot-Drift<br>-------------------------------------------------------------------------------<br>Bond&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 27.7833&nbsp;&nbsp; 0.294105
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0.147486&nbsp;&nbsp;&nbsp; 73.7433<br>Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 30.7919&nbsp;&nbsp; 0.304991&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 -0.0361126&nbsp;&nbsp; -18.0563<br>LJ-(SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -27021.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1153.88&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1015.89&nbsp;&nbsp;&nbsp; -3.7911&nbsp;&nbsp; -1895.55<br>Coulomb-(SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -116585&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
1327.11&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1120.39&nbsp;&nbsp; -4.92805&nbsp;&nbsp; -2464.03<br>Potential&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -276.705&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.94591&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; -10.6792&nbsp;&nbsp; -5339.61<br>Total-Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -183054&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2912.13&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2478.91&nbsp;&nbsp;&nbsp; -10.588&nbsp;&nbsp; -5293.99<br><br><br><br><div>
<span class="gmail_quote">2006/11/9, David van der Spoel &lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Qiao Baofu wrote:<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Thanks.<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; but the g_energy -nmol can only give the Bond,Angle data divided by the<br>&gt; nmol, for the Proper-Dih. LJ, Coulomb, Potential, Total-Energy, g_energy
<br>&gt; -nmol 981 gives the same result as without -nmol 981, in which 981 is<br>&gt; the number of molecules.<br>&gt;<br>&gt; I am using Gromacs 3.3.1.<br>&gt;<br>If this is reproducible then please submit a bugzilla.<br>
<br>--<br>David.<br>________________________________________________________________________<br>David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics group,<br>Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.
<br>Husargatan 3, Box 596,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;75124 Uppsala, Sweden<br>phone:&nbsp;&nbsp;46 18 471 4205&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;fax: 46 18 511 755<br><a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:spoel@gromacs.org">spoel@gromacs.org
</a>&nbsp;&nbsp; <a href="http://folding.bmc.uu.se">http://folding.bmc.uu.se</a><br>++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the
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</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Sincerely yours,<br>**********************************************<br>Baofu Qiao, PhD<br>Frankfurt Institute for Advanced Studies<br>Max-von-Laue-Str. 1<br>60438 Frankfurt am Main, Germany TEL:+49-69-7984-7529
<br>**********************************************