Dear Wu, <br>I had exactly the same question to ask the users. I hope someone would give a better idea to generate gro and itp for a polymer of your choice molecular weight. <br><br>Currently, what I am doing is to create a smaller polymer using prodrg and manually extend the itp to the size I want. I know this is not the best way, however, since polymer topology has just same pattern, its easy to create the itp file. 
<br><br>However, to extend the gro file, we need to use the angle information and may be write a script. <br><br>I don't know if this a good idea??<br><br>Mohan <br><br><br><br><div><span class="gmail_quote">On 08/11/06, 
<b class="gmail_sendername"><a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a></b> &lt;<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Send gmx-users mailing list submissions to<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><br>To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a><br><br>You can reach the person managing the list at
<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users-owner@gromacs.org">gmx-users-owner@gromacs.org</a><br><br>When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>than &quot;Re: Contents of gmx-users digest...&quot;<br>
<br><br>Today's Topics:<br><br>&nbsp;&nbsp; 1. Re: Creation of an index file with seperate lipid leaflets<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;(Jay Mashl)<br>&nbsp;&nbsp; 2. Re: pdb2gmx and protein DNA complexes (Erik Marklund)<br>&nbsp;&nbsp; 3. Re: pdb2gmx and protein DNA complexes (Erik Marklund)
<br>&nbsp;&nbsp; 4. How to generate GRO and TOP file for high-number-atom<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;polymer? (WU Yanbin)<br>&nbsp;&nbsp; 5. What if the atom number exceed 99999 for Gromacs file? (WU Yanbin)<br><br><br>----------------------------------------------------------------------
<br><br>Message: 1<br>Date: Wed, 8 Nov 2006 11:32:20 -0600 (CST)<br>From: Jay Mashl &lt;<a href="mailto:mashl@uiuc.edu">mashl@uiuc.edu</a>&gt;<br>Subject: Re: [gmx-users] Creation of an index file with seperate lipid<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;leaflets
<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>Message-ID:<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&lt;<a href="mailto:Pine.LNX.4.64.0611081107270.29552@kermit.beckman.uiuc.edu">Pine.LNX.4.64.0611081107270.29552@kermit.beckman.uiuc.edu
</a>&gt;<br>Content-Type: TEXT/PLAIN; charset=US-ASCII<br><br><br>Wasted work would be bad ;)<br><br>Rather than headgroup orientation, maybe try looking at atom distributions<br>along the bilayer normal direction.&nbsp;&nbsp;Neutron scattering experiments show that
<br>for atom groups far from the bilayer midplane, the corresponding z-coordinates<br>form two distinct distributions.&nbsp;&nbsp;So one way could be the following. Pick a<br>headgroup atom and obtain its z-coordinate. Have make_ndx accept this value as
<br>input. Search the system by looping over lipids and ask whether that atom type<br>has a z-coordinate within some amount around the input value. From this you<br>know the membership of the leaflets.&nbsp;&nbsp;A more automatic way would be to have the
<br>program first discern the distribution and then reread the system to decide the<br>leaflet membership.<br><br>Jay<br><br><br>On Wed, 8 Nov 2006, Alan Dodd wrote:<br>&gt; Wouldn't shuffle/sort undo all the good work?&nbsp;&nbsp;I did
<br>&gt; wonder if I should have labelled the lipids in<br>&gt; different leaflets as different molecule types, or<br>&gt; different chains, but it's a bit late now...<br>&gt;<br>&gt; --- Jay Mashl &lt;<a href="mailto:mashl@uiuc.edu">
mashl@uiuc.edu</a>&gt; wrote:<br>&gt;<br>&gt; &gt; On Wed, 8 Nov 2006, Alan Dodd wrote:<br>&gt; &gt; &gt; Has anyone already created a way to generate an<br>&gt; &gt; index<br>&gt; &gt; &gt; file with the atoms from the two leaflets of a
<br>&gt; &gt; bilayer<br>&gt; &gt; &gt; listed seperately?&nbsp;&nbsp;I can't believe it hasn't<br>&gt; &gt; already<br>&gt; &gt; &gt; been done, but can't find a direct description of<br>&gt; &gt; a<br>&gt; &gt; &gt; solution.&nbsp;&nbsp;I'm attempting a modification to
<br>&gt; &gt; make_ndx,<br>&gt; &gt; &gt; (or perhaps something considerably less ambitious,<br>&gt; &gt; &gt; judging by the way it's going so far) to permit<br>&gt; &gt; lipid<br>&gt; &gt; &gt; selection based on headgroup orientation, though
<br>&gt; &gt; I'd<br>&gt; &gt; &gt; quite like to save myself the effort.<br>&gt; &gt; &gt; Incidentally, splitres and splitat seem to be the<br>&gt; &gt; &gt; wrong way around, unless I'm misunderstanding them<br>&gt; &gt; -
<br>&gt; &gt; &gt; they do the opposite of what they say.&nbsp;&nbsp;From the<br>&gt; &gt; &gt; gromacs 3.3.1 source download I did on April of<br>&gt; &gt; this<br>&gt; &gt; &gt; year.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Reordering the lipids into leaflets in your starting
<br>&gt; &gt; coordinate<br>&gt; &gt; file might be a good idea. If you anticipate lipid<br>&gt; &gt; exchange between leaflets,<br>&gt; &gt; then a more general tool like what you suggest would<br>&gt; &gt; be helpful.<br>
&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Jay<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt; &gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the<br>&gt; &gt; list. Use the<br>&gt; &gt; www interface or send it to<br>&gt; &gt; <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">
gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>&gt; &gt; Can't post? Read<br>&gt; &gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>&gt; &gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;
<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; ____________________________________________________________________________________<br>&gt; Sponsored Link<br>&gt;<br>&gt; Mortgage rates near 39yr lows. $420k for $1,399/mo.<br>&gt; Calculate new payment!
<br>&gt; <a href="http://www.LowerMyBills.com/lre">http://www.LowerMyBills.com/lre</a><br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org
</a><br>&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; www interface or send it to 
<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>&gt; Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>&gt;
<br><br>--<br>R. Jay Mashl<br>University of Illinois<br><a href="mailto:mashl@uiuc.edu">mashl@uiuc.edu</a><br>(Tel)217-244-5818<br><br><br>------------------------------<br><br>Message: 2<br>Date: Wed, 8 Nov 2006 18:44:24 +0100
<br>From: &quot;Erik Marklund&quot; &lt;<a href="mailto:erikm@xray.bmc.uu.se">erikm@xray.bmc.uu.se</a>&gt;<br>Subject: Re: [gmx-users] pdb2gmx and protein DNA complexes<br>To: &quot;Discussion list for GROMACS users&quot; &lt;
<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>Message-ID: &lt;004c01c7035d$87aea500$ccc5f382@mimer&gt;<br>Content-Type: text/plain; charset=&quot;iso-8859-1&quot;<br><br>Yes, very recently actually. What forcefield are you using? If you're using the AMBERXX-port, you might want to have a look at 
<a href="http://folding.stanford.edu/ffamber/">http://folding.stanford.edu/ffamber/</a>. Regardless of your ff, make sure that the atoms in your pdb match the ones in ff[your_forcefield].rtp. Oh, and read the manual.<br><br>
/Erik<br>&nbsp;&nbsp;----- Original Message -----<br>&nbsp;&nbsp;From: Debojyoti Dutta<br>&nbsp;&nbsp;To: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&nbsp;&nbsp;Sent: Wednesday, November 08, 2006 6:08 PM<br>&nbsp;&nbsp;Subject: [gmx-users] pdb2gmx and protein DNA complexes
<br><br><br>&nbsp;&nbsp;Hi<br><br>&nbsp;&nbsp;I am trying to simulate a protein DNA complex but I am stuck at the pdb2gmx stage as it gets stuck when it encounters a nucleotide.<br><br>&nbsp;&nbsp;Program pdb2gmx, VERSION 3.3<br>&nbsp;&nbsp;Source code file: resall.c
, line: 438<br><br>&nbsp;&nbsp;Fatal error:<br>&nbsp;&nbsp;Residue 'C' not found in residue topology database<br><br>&nbsp;&nbsp;The pdb segment is as follows:<br><br>&nbsp;&nbsp;ATOM&nbsp;&nbsp; 1239&nbsp;&nbsp;NZ&nbsp;&nbsp;LYS B 513&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -24.159&nbsp;&nbsp;16.372 -25.774&nbsp;&nbsp;1.00 51.42&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N<br>
&nbsp;&nbsp;ATOM&nbsp;&nbsp; 1249&nbsp;&nbsp;N1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;C C&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; - 10.253&nbsp;&nbsp; 8.018&nbsp;&nbsp;40.704&nbsp;&nbsp;1.00 25.86&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N<br><br>&nbsp;&nbsp;Has anyone encountered this problem before?<br><br>&nbsp;&nbsp;Regards<br>&nbsp;&nbsp;Debo<br><br>&nbsp;&nbsp;--<br>&nbsp;&nbsp;---------------------------------------------
<br>&nbsp;&nbsp;Debojyoti Dutta, PhD (USC)<br>&nbsp;&nbsp;<a href="http://catarina.usc.edu/~ddutta">http://catarina.usc.edu/~ddutta</a><br>&nbsp;&nbsp;---------------------------------------------<br><br><br><br>------------------------------------------------------------------------------
<br><br><br>&nbsp;&nbsp;_______________________________________________<br>&nbsp;&nbsp;gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&nbsp;&nbsp;<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&nbsp;&nbsp;Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&nbsp;&nbsp;www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org
</a>.<br>&nbsp;&nbsp;Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>-------------- next part --------------<br>An HTML attachment was scrubbed...<br>URL: 
<a href="http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20061108/88cd4803/attachment-0001.html">http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20061108/88cd4803/attachment-0001.html</a><br><br>------------------------------
<br><br>Message: 3<br>Date: Wed, 8 Nov 2006 18:49:49 +0100<br>From: &quot;Erik Marklund&quot; &lt;<a href="mailto:erikm@xray.bmc.uu.se">erikm@xray.bmc.uu.se</a>&gt;<br>Subject: Re: [gmx-users] pdb2gmx and protein DNA complexes
<br>To: &quot;Discussion list for GROMACS users&quot; &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>Message-ID: &lt;006b01c7035e$493ad4f0$ccc5f382@mimer&gt;<br>Content-Type: text/plain; charset=&quot;iso-8859-1&quot;
<br><br>...and not just the atoms. Make sure that the residue names are the correct ones for your forcefield. Apparently, the forcefield you're using does not have a 'C'-residue.<br><br>/Erik<br>&nbsp;&nbsp;----- Original Message -----
<br>&nbsp;&nbsp;From: Erik Marklund<br>&nbsp;&nbsp;To: Discussion list for GROMACS users<br>&nbsp;&nbsp;Sent: Wednesday, November 08, 2006 6:44 PM<br>&nbsp;&nbsp;Subject: Re: [gmx-users] pdb2gmx and protein DNA complexes<br><br><br>&nbsp;&nbsp;Yes, very recently actually. What forcefield are you using? If you're using the AMBERXX-port, you might want to have a look at 
<a href="http://folding.stanford.edu/ffamber/">http://folding.stanford.edu/ffamber/</a>. Regardless of your ff, make sure that the atoms in your pdb match the ones in ff[your_forcefield].rtp. Oh, and read the manual.<br><br>
&nbsp;&nbsp;/Erik<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;----- Original Message -----<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;From: Debojyoti Dutta<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;To: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Sent: Wednesday, November 08, 2006 6:08 PM<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Subject: [gmx-users] pdb2gmx and protein DNA complexes
<br><br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Hi<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;I am trying to simulate a protein DNA complex but I am stuck at the pdb2gmx stage as it gets stuck when it encounters a nucleotide.<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Program pdb2gmx, VERSION 3.3<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Source code file: 
resall.c, line: 438<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Fatal error:<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Residue 'C' not found in residue topology database<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;The pdb segment is as follows:<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;ATOM&nbsp;&nbsp; 1239&nbsp;&nbsp;NZ&nbsp;&nbsp;LYS B 513&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -24.159&nbsp;&nbsp;16.372 -25.774&nbsp;&nbsp;1.00 51.42
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;ATOM&nbsp;&nbsp; 1249&nbsp;&nbsp;N1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;C C&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; - 10.253&nbsp;&nbsp; 8.018&nbsp;&nbsp;40.704&nbsp;&nbsp;1.00 25.86&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Has anyone encountered this problem before?<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Regards<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Debo<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;--<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;---------------------------------------------
<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Debojyoti Dutta, PhD (USC)<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="http://catarina.usc.edu/~ddutta">http://catarina.usc.edu/~ddutta</a><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;---------------------------------------------<br><br><br><br>----------------------------------------------------------------------------
<br><br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;_______________________________________________<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org
</a>.<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br><br><br>------------------------------------------------------------------------------
<br><br><br>&nbsp;&nbsp;_______________________________________________<br>&nbsp;&nbsp;gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&nbsp;&nbsp;<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&nbsp;&nbsp;Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&nbsp;&nbsp;www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org
</a>.<br>&nbsp;&nbsp;Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>-------------- next part --------------<br>An HTML attachment was scrubbed...<br>URL: 
<a href="http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20061108/0469becd/attachment-0001.html">http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20061108/0469becd/attachment-0001.html</a><br><br>------------------------------
<br><br>Message: 4<br>Date: Wed, 8 Nov 2006 16:32:11 -0600<br>From: &quot;WU Yanbin&quot; &lt;<a href="mailto:ywu27@uiuc.edu">ywu27@uiuc.edu</a>&gt;<br>Subject: [gmx-users] How to generate GRO and TOP file for<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;high-number-atom&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;polymer?
<br>To: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>Message-ID:<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&lt;<a href="mailto:3b43155a0611081432n12d444b9qf78896237d1f9b65@mail.gmail.com">3b43155a0611081432n12d444b9qf78896237d1f9b65@mail.gmail.com
</a>&gt;<br>Content-Type: text/plain; charset=&quot;iso-8859-1&quot;<br><br>Hi,<br>&nbsp;&nbsp; Genearlly I generate GRO and TOP file for polymer using PRODRG. But<br>PRODRG does not work when the atom number of the polymer exceeds 300. So can
<br>anyone recommend other software and method? Thanks.<br><br>Yours Sincerely,<br><br>WU Yanbin<br>-------------- next part --------------<br>An HTML attachment was scrubbed...<br>URL: <a href="http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20061108/7b74d68f/attachment-0001.html">
http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20061108/7b74d68f/attachment-0001.html</a><br><br>------------------------------<br><br>Message: 5<br>Date: Wed, 8 Nov 2006 18:11:42 -0600<br>From: &quot;WU Yanbin&quot; &lt;
<a href="mailto:ywu27@uiuc.edu">ywu27@uiuc.edu</a>&gt;<br>Subject: [gmx-users] What if the atom number exceed 99999 for Gromacs<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;file?<br>To: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>Message-ID:
<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&lt;<a href="mailto:3b43155a0611081611u223052efid4ed718e5acfc62@mail.gmail.com">3b43155a0611081611u223052efid4ed718e5acfc62@mail.gmail.com</a>&gt;<br>Content-Type: text/plain; charset=&quot;iso-8859-1&quot;<br>
<br>Hi,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I built up a box of polymer with box size 20x20x20 and then solvate the<br>box with water using Genbox. Thus the total atom number exceeds 99999 and I<br>found that the atom number starts from zero when it exceeds 99999. Does it
<br>matter for the ongoing command &quot;grompp&quot; and &quot;mdrun&quot;? Thanks.<br><br>Yours Sincerely,<br><br>WU Yanbin<br><br>--<br>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
<br>WU Yanbin<br>Department of Mechanical Science and Engineering&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Email:<br><a href="mailto:ywu27@uiuc.edu">ywu27@uiuc.edu</a><br>3323 Beckman Institute<br>Phone: (217)819-9064<br>University of Illinois at Urbana-Champaign
<br>405 N. Mathews Avenue<br>Urbana, IL 61801<br>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>-------------- next part --------------<br>An HTML attachment was scrubbed...
<br>URL: <a href="http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20061108/e922c715/attachment.html">http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20061108/e922c715/attachment.html</a><br><br>------------------------------
<br><br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list<br><a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users
</a><br><br><br>End of gmx-users Digest, Vol 31, Issue 29<br>*****************************************<br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Mohan Boggara<br>Graduate Research Assistant<br>Dept of Chemical Engineering
<br>University of Houston<br>S222 Engg Bldg 1, 4800 Calhoun Rd,<br>Houston, Texas-77204, USA<br>Mobile: 1-832-643-5729<br>Office: 1-713-743-4314 <br><a href="http://polymer.chee.uh.edu/">http://polymer.chee.uh.edu/</a><br>
<br>Strive for excellence and not for perfection --Kamal Hassan, Indian Actor