Hai all....<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
I am trying to simulate the bulk phase decane system using
GROMACS........... I used decane pdb file which I goT from HIC UP.... I
changed the residue name to C10 from D10 to match the residue name in
ffgmx.rtp(GROMACS force field)....<br>
I ran pdb2gmx , selected forcefield &quot;4&quot;(ffgmx)... and got .top and gro
files for my decane molecule...There saw the molecule mass as 142.17
which is correct ....... Now as I want to simulate Bulk I used&nbsp;
genconf to get my 512 molecule system..... i got out.gro file from
this..... To get the desired density I used editconf to get 602 gr/ltr
....But here in out put as shown below its showing the different mass
for 512 molecules i.e 61498.9.....(see output of editconf)......which
means that single molecule mass is 120.11.......means hydrogen masses
are missing....... I checked atommass.dat and I am unable to know
what&nbsp; I have to do..... <br>
<br>
Awaiting for help <br>
<br>
Arun<br>
<br>
GENCONF output<br>
<br clear="all">[arun@cluster ~]$ !genconf<br>
genconf -nbox 8 8 8&nbsp; -dist 1 1 1 -f conf.gro<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
:-)&nbsp; G&nbsp; R&nbsp; O&nbsp; M&nbsp; A&nbsp; C&nbsp; S&nbsp; (-:<br>
<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
GROup of MAchos and Cynical Suckers<br>
<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
:-)&nbsp; VERSION 3.2.1&nbsp; (-:<br>
<br>
<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; check out <a href="http://www.gromacs.org">http://www.gromacs.org</a> for more information.<br>
<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; This program is free software; you can redistribute it and/or<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; modify it under the terms of the GNU General Public License<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; as published by the Free Software Foundation; either version 2<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; of the License, or (at your option) any later version.<br>
<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
:-)&nbsp; genconf&nbsp; (-:<br>
<br>
Option&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Filename&nbsp; Type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Description<br>
------------------------------------------------------------<br>
&nbsp; -f&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; conf.gro&nbsp;
Input&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Generic structure: gro
g96 pdb tpr tpb tpa<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
xml<br>
&nbsp; -o&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; out.gro&nbsp;
Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Generic structure: gro g96
pdb xml<br>
-trj&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; traj.xtc&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Generic trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb<br>
<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Option&nbsp;&nbsp; Type&nbsp; Value&nbsp; Description<br>
------------------------------------------------------<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]h&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Print help info and quit<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]X&nbsp;&nbsp;
bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Use dialog box GUI to edit
command line options<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -nice&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; Set the nicelevel<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -nbox vector&nbsp; 8 8 8&nbsp; Number of boxes<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -dist vector&nbsp; 1 1 1&nbsp; Distance between boxes<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;
int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; Random generator seed, if 0
generated from the<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
time<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]rot&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Randomly rotate conformations<br>
-[no]shuffle&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Random shuffling of molecules<br>
&nbsp;&nbsp; -[no]sort&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Sort molecules on X coord<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -block&nbsp;&nbsp;&nbsp;
int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; Divide the box in blocks on
this number of cpus<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -nmolat&nbsp;&nbsp;&nbsp;
int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; Number of atoms per molecule,
assumed to start<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
from 0. If you set this wrong, it will screw up<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
your system!<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -maxrot vector 90 90 90&nbsp; Maximum random rotation<br>
-[no]renumber&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Renumber residues<br>
<br>
<br>
gcq#77: &quot;One Cross Each&quot; (Monty Python)<br>
<br>
###############################################################################<br>
After then I ran editconf to change density .............. I used 512
decane molecules... But I did not get the total mass of 512*142=72704
amu... Instead I got 61498.9 which is 512*120 that means hydrogen
masses are missing.... Can anyone help me in this
regard.........................<br>
##############################################################<br>
Here is the output................<br>
<br>
&nbsp;<br>
[arun@cluster ~]$ editconf -density 602 -f out.gro<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
:-)&nbsp; G&nbsp; R&nbsp; O&nbsp; M&nbsp; A&nbsp; C&nbsp; S&nbsp; (-:<br>
<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
Gromacs Runs On Most of All Computer Systems<br>
<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
:-)&nbsp; VERSION 3.2.1&nbsp; (-:<br>
<br>
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&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; check out <a href="http://www.gromacs.org">http://www.gromacs.org</a> for more information.<br>
<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; This program is free software; you can redistribute it and/or<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; modify it under the terms of the GNU General Public License<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; as published by the Free Software Foundation; either version 2<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; of the License, or (at your option) any later version.<br>
<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
:-)&nbsp; editconf&nbsp; (-:<br>
<br>
Option&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Filename&nbsp; Type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Description<br>
------------------------------------------------------------<br>
&nbsp; -f&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; out.gro&nbsp;
Input&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Generic structure: gro
g96 pdb tpr tpb tpa<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
xml<br>
&nbsp; -n&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; index.ndx&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Index file<br>
&nbsp; -o&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; out.gro&nbsp;
Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Generic structure: gro g96
pdb xml<br>
&nbsp;-bf&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bfact.dat&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Generic data file<br>
<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Option&nbsp;&nbsp; Type&nbsp; Value&nbsp; Description<br>
------------------------------------------------------<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]h&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Print help info and quit<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]X&nbsp;&nbsp;
bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Use dialog box GUI to edit
command line options<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -nice&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; Set the nicelevel<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]w&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; View output xvg, xpm, eps and pdb files<br>
&nbsp;&nbsp; -[no]ndef&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Choose output from default index groups<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -bt&nbsp;&nbsp;
enum&nbsp;&nbsp; tric&nbsp; Box type for -box and -d: tric, cubic,<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
dodecahedron or octahedron<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -box vector&nbsp; 0 0 0&nbsp; Box vector lengths (a,b,c)<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -angles vector 90 90 90&nbsp; Angles between the box vectors (bc,ac,ab)<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -d&nbsp;&nbsp;
real&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; Distance between the solute
and the box<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]c&nbsp;&nbsp;
bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Center molecule in box (implied
by -box and -d)<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -center vector&nbsp; 0 0 0&nbsp; Coordinates of geometrical center<br>
&nbsp; -translate vector&nbsp; 0 0 0&nbsp; Translation<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -rotate vector&nbsp; 0 0 0&nbsp; Rotation around the X, Y and Z axes in degrees<br>
&nbsp; -[no]princ&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Orient molecule(s) along their principal axes<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -scale vector&nbsp; 1 1 1&nbsp; Scaling factor<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; -density&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp;&nbsp; 602&nbsp; Density (g/l) of the output box achieved by<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
scaling<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]vol&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp; yes&nbsp; Compute and print volume of the box<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]pbc&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Remove the periodicity (make molecule whole<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
again)<br>
&nbsp;&nbsp; -[no]mead&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Store the charge of the atom in the occupancy<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
field and the radius of the atom in the B-factor<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
field<br>
&nbsp; -[no]grasp&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Store the charge of the atom in the B-factor<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
field and the radius of the atom in the occupancy<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
field<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -rvdw&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp;
0.12&nbsp; Default Van der Waals radius if one can not be<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
found in the database<br>
&nbsp;&nbsp; -[no]atom&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Force B-factor attachment per atom<br>
&nbsp;-[no]legend&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Make B-factor legend<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -label string&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp; Add chain label for all residues<br>
<br>
WARNING: masses will be determined based on residue and atom names,<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; this can deviate from the real mass of the atom type<br>
In case you use free energy of solvation predictions:<br>
<br>
++++++++ PLEASE CITE THE FOLLOWING REFERENCE ++++++++<br>
D. Eisenberg and A. D. McLachlan<br>
Solvation energy in protein folding and binding<br>
Nature 319 (1986) pp. 199-203<br>
-------- -------- --- Thank You --- -------- --------<br>
<br>
Opening library file /opt/gromacs-3.2.1/share/top/aminoacids.dat<br>
Opening library file /opt/gromacs-3.2.1/share/top/atommass.dat<br>
Opening library file /opt/gromacs-3.2.1/share/top/vdwradii.dat<br>
Opening library file /opt/gromacs-3.2.1/share/top/dgsolv.dat<br>
#Entries in atommass.dat: 82 vdwradii.dat: 26 dgsolv.dat: 7<br>
Read 5120 atoms<br>
Volume: 1207.38 nm^3, corresponds to roughly 543300 electrons<br>
No velocities found<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; system size : 16.008&nbsp; 7.874&nbsp; 7.000 (nm)<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; center&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 8.504&nbsp; 4.437&nbsp; 4.000 (nm)<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; box vectors : 17.008&nbsp; 8.874&nbsp; 8.000 (nm)<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; box angles&nbsp; :&nbsp; 90.00&nbsp; 90.00&nbsp; 90.00 (degrees)<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; box volume&nbsp;
:1207.38&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
(nm^3)<br>
Volume&nbsp; of input 1207.38 (nm^3)<br>
Mass&nbsp;&nbsp;&nbsp; of input 61498.9 (a.m.u.)<br>
Density of input 84.5812 (g/l)<br>
Scaling all box vectors by 0.519867<br>
new system size :&nbsp; 8.322&nbsp; 4.093&nbsp; 3.639<br>
new center&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 4.421&nbsp; 2.307&nbsp; 2.079 (nm)<br>
new box vectors :&nbsp; 8.842&nbsp; 4.613&nbsp; 4.159 (nm)<br>
new box angles&nbsp; :&nbsp; 90.00&nbsp; 90.00&nbsp; 90.00 (degrees)<br>
new box volume&nbsp; : 169.64&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; (nm^3)<br>
<br>
Back Off! I just backed up out.gro to ./#out.gro.1#<br>
<br>
gcq#267: &quot;In the End Science Comes Down to Praying&quot; (P. v.d. Berg)<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>-- <br>Arun kumar.V<br>M.E Chemical