<p>Dear gmx-users,</p>
<p>&nbsp;&nbsp; I have simulated a Lennard-Jones system that used reduced units. In the system it only contains one atom type B, the non-bonded parameter I wrote below: </p>
<p>[ nonbond_params ]<br>&nbsp; ; i&nbsp;&nbsp;&nbsp; j func&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; sigma&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; epsilon<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; B&nbsp;&nbsp;&nbsp; B&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 0.400000000&nbsp;&nbsp; 0.400000000&nbsp;&nbsp; ; ---&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>&nbsp;&nbsp; </p>
<p><br>; Berendsen temperature coupling is on in&nbsp;one groups<br>Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; berendsen<br>tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; &nbsp;0.5&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;B_atoms <br>ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </p>
<p>&nbsp;&nbsp; In the simulation I used Berendsen temperature coupling, and set the ref_t = 10. Here I got a reduced temperature T'=0.083, is it right? And if the real interaction strength of atom B is epsilon = 5 KJ/mol, how I can estimate the actual temperature of my simulation system?
</p>
<p>&nbsp;&nbsp; Any suggestions will be help, thank you very much!</p>
<p><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>　　　　　　　　Dechang Li<br>　　　　　　　　<a href="mailto:Li.DC06@gmail.com">Li.DC06@gmail.com</a><br>　　　　　　　　　　2006-11-20</p>