Dear ALL<br> <br> when we simulate in vaccum, first we do steepest descent, then conj, then md in vac. <br> I want to know that, Do we use periodic boundary conditions here..and also if we dont specify anything about pbc in mdp file wht does gromacs take it as...<br> <br> Also please tell me, is their any particular value of emtol in mdp files of steep and cg, that we should use... I use emtol=1000 in the steep file, and then when i do cg i keep it 100, 50, 10, 8, 2 step by step.<br> <br> Regards<br> nur<br>    <p>&#32;
        

        
                <hr size=1></hr> 
Find out what India is talking about on  - <a href="http://us.rd.yahoo.com/mail/in/yanswers/*http://in.answers.yahoo.com/">Yahoo! Answers India</a> <BR> 
Send FREE SMS to your friend's mobile from Yahoo! Messenger Version 8. <a href="http://us.rd.yahoo.com/mail/in/messengertagline/*http://in.messenger.yahoo.com">Get it NOW</a>