To my knowledge, g_rdf calculate all the atoms of group A to all the atoms of group B to get the <font size="1"><font size="4">g</font>AB</font>(r). g_rdf -com calculate the center of group A, not the centers of the residues in group A to all the atoms of group B.&nbsp; 
<br><br>I upload a file based on gmx_rdf.c to calculate the centers of residues of group A (and B) last month to the website of gromacs. <br><br><div><span class="gmail_quote">2006/11/22, Nguyen Hoang Phuong &lt;<a href="mailto:phuong@theochem.uni-frankfurt.de">
phuong@theochem.uni-frankfurt.de</a>&gt;:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><br>My question is that how does gromacs compute
<br>g(r)? Is r the distance between center of mass<br>of the group [ Pep ] and the center of mass of each<br>solvent molecule? Or gromacs computes g_i(r) between<br>each atom of the group [ Pep] with respect to solvent<br>
molecules and then take average over all g_i(r) to get<br>g(r)?<br><br>Many thanks in advance,<br><br>Phuong<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">
gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to 
<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote>
</div><br>Baofu Qiao<br>