<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=us-ascii">
<META content="MSHTML 6.00.2900.2995" name=GENERATOR></HEAD>
<BODY>
<DIV><FONT face=Arial size=2><SPAN 
class=993301101-23112006>Hi,</SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2><SPAN 
class=993301101-23112006></SPAN></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2><SPAN class=993301101-23112006>I want to add both 
sodium and potassium to a protein solution. But there is always error 
information about potassium after I used genion to add K(K+) and set right no of 
molecules at the bottom of .top file:</SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2><SPAN 
class=993301101-23112006></SPAN></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2><SPAN class=993301101-23112006><STRONG>No such 
moleculetype K (or K+)</STRONG></SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2><SPAN 
class=993301101-23112006></SPAN></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2><SPAN class=993301101-23112006>no matter I use K or 
K+ as potassium name and no matter I used g43a1 or OPLS-AA ff. 
</SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2><SPAN 
class=993301101-23112006></SPAN></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2><SPAN class=993301101-23112006>By the way, I 
used&nbsp;v3.3 and selected gromos 43a1 force fields. I have searched the 
mailing list and found some confusing information. For example, somebody said 
the 43a1 can recognize potassium, but someone else said&nbsp;it&nbsp;can 
not&nbsp;and suggested to use OPLS-AA instead. So can anybody who have 
experiences give an&nbsp;authoritative explanation and solution 
for&nbsp;using&nbsp;potassium?</SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2><SPAN 
class=993301101-23112006></SPAN></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2><SPAN class=993301101-23112006>Further, is there 
any reference which provides a general description for all force fieds in Gmx 
v3.3, which is expected to be more detailed than&nbsp;something showing in 
brackets after the ff names &nbsp;when&nbsp;using the command pdb2gmx,&nbsp;so 
that users can know their advantages and disadvantages and select a suitable one 
according to different aims?</SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2><SPAN 
class=993301101-23112006></SPAN></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2><SPAN class=993301101-23112006>Thanks in 
advance</SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV align=left>
<DIV align=left><FONT face="Times New Roman" size=4>Zhongqiao Hu</FONT></DIV>
<DIV align=left><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV align=left><FONT face="Times New Roman">Lab E5-04-27</FONT></DIV>
<DIV align=left>
<DIV align=left><FONT face="Times New Roman">Tel: 65161946(O)</FONT></DIV></DIV>
<DIV align=left><FONT face="Times New Roman">Department of Chemical and 
Biomolecular Engineering</FONT></DIV>
<DIV align=left><FONT face="Times New Roman">National University of 
Singapore</FONT></DIV>
<DIV align=left><FONT face="Times New Roman">117576, Singapore</FONT></DIV>
<DIV align=left><FONT face="Times New Roman"></FONT>&nbsp;</DIV></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV></BODY></HTML>