<div>Hi Christian,<br><br>Could you please forward the first 'CPMD_inp.run' and 'qmoutput.out' ?<br><br>pb.<br><br></div><font color="#990099">-----gmx-users-bounces@gromacs.org wrote: -----<br><br></font><blockquote style="border-left: 2px solid rgb(0, 0, 0); padding-right: 0px; padding-left: 5px; margin-left: 5px; margin-right: 0px;">To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br>From: Christian Seifert &lt;cseifert@bph.ruhr-uni-bochum.de&gt;<br>Sent by: gmx-users-bounces@gromacs.org<br>Date: 11/28/2006 05:48AM<br>Subject: [gmx-users] QMMM: correspondence-problem<br><br><font face="monospace" size="3">Hi,<br><br>I'm using GROMACS-CPMD-QMMM (written by P. Biswas). There seems to be an error <br>in the correspondence between CPMD(3.11.1) and GROMACS(3.3.1). The error <br>occurred in the first md (energy_minimisation) of the <br>h2o-water-dimer-examplefile (parallel run with 8 CPUs).<br><br>With regards,<br><br>Christian Seifert.<br><br><br>RESTART INFORMATION WRITTEN ON FILE &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;./RESTART.1<br><br> ===============================================================<br> &nbsp;INTERFACE| WAIT FOR CONTINUE-FILE ./QMCONTINUE &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<br>====== GROMACS reads &lt;./qmoutput.out&gt; and starts new step ======.<br>=========== GROMACS awaits QM-result for present step ==========<br> &nbsp;INTERFACE| CONTINUE QM CALCULATION ./qmoutput.out &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <br> &nbsp;INTERFACE| READING NEW COORDINATES FROM FILE CPMD_inp.run &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <br>QM-Box &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; .00000 &nbsp; 18.00000 &nbsp; &nbsp; .00000 &nbsp; 18.00000 &nbsp; &nbsp; .00000 &nbsp; 18.00000<br>Bounding-B &nbsp; &nbsp; .00000 &nbsp; &nbsp; .71810 &nbsp; &nbsp; .00000 &nbsp; &nbsp;3.02356 &nbsp; &nbsp; .00000 &nbsp; &nbsp; .85038<br>Step-No &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 73<br>LMAX-OF-MMQ-EXP &nbsp; &nbsp;0<br>INTML-UPD-FREQ &nbsp; &nbsp; 1<br>OUTRL-UPD-FREQ &nbsp; &nbsp; 1<br>MM-Near &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;3<br> &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-.78600 &nbsp; &nbsp; .92560 &nbsp; &nbsp; .72516 &nbsp; &nbsp;5.53867 &nbsp; &nbsp;9.00870 &nbsp; &nbsp;9.72225<br> &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; .39300 &nbsp; &nbsp; .88790 &nbsp; &nbsp;1.43062 &nbsp; &nbsp;3.88958 &nbsp; &nbsp;9.00390 &nbsp; 10.56429<br> &nbsp; &nbsp; &nbsp; 3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; .39300 &nbsp; &nbsp; .88790 &nbsp; &nbsp;1.43062 &nbsp; &nbsp;6.80584 &nbsp; &nbsp;8.99548 &nbsp; 11.10917<br>MM-Interm &nbsp; &nbsp; &nbsp;0<br>MM-Outer &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0<br> INTERFACE| READING NEW COORDINATES ... DONE<br> INTERFACE| EXTERNAL FIELD CALCULATED<br><br> TOTAL INTEGRATED ELECTRONIC DENSITY<br> &nbsp; &nbsp;IN G-SPACE = &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 8.000000<br> &nbsp; &nbsp;IN R-SPACE = &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 8.000000<br><br> (K+E1+L+N+X) &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; TOTAL ENERGY = &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;-17.18775159 A.U.<br> (K) &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;KINETIC ENERGY = &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 13.00016978 A.U.<br> (E1=A-S+R) &nbsp; &nbsp; ELECTROSTATIC ENERGY = &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;-11.43087438 A.U.<br> (S) &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ESELF = &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 12.63317221 A.U.<br> (R) &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ESR = &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; .78821501 A.U.<br> (L) &nbsp; &nbsp;LOCAL PSEUDOPOTENTIAL ENERGY = &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;-16.28728965 A.U.<br> (N) &nbsp; &nbsp; &nbsp;N-L PSEUDOPOTENTIAL ENERGY = &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;1.72230002 A.U.<br> (X) &nbsp; &nbsp; EXCHANGE-CORRELATION ENERGY = &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -4.19205736 A.U.<br> &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; GRADIENT CORRECTION ENERGY = &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -.24836716 A.U.<br><br> NFI &nbsp; &nbsp; GEMAX &nbsp; &nbsp; CNORM &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;ETOT &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; DETOT &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;TCPU<br> &nbsp; 1 &nbsp; .000001 &nbsp; .000000 &nbsp; &nbsp; -17.18775 &nbsp; &nbsp; &nbsp; .000000 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;1.03<br> &nbsp; 2 &nbsp; .000002 &nbsp; .000000 &nbsp; &nbsp; -17.21923 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-.031476 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;1.06<br> EXTERNAL ENERGY &nbsp; &nbsp;= -0.314758752602600708E-01 &nbsp;AU<br> REAL TOTAL ENERGY &nbsp;= -17.2192276186203053 &nbsp;AU<br><br> &nbsp; ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;COORDINATES &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;GRADIENTS (-FORCES)<br> &nbsp; 1 &nbsp;H &nbsp;8.5571 10.3726 &nbsp;8.5506 &nbsp; 2.855E-03 -2.634E-03 &nbsp;1.182E-02<br> &nbsp; 2 &nbsp;H &nbsp;8.5568 &nbsp;7.6274 &nbsp;8.5663 &nbsp;-2.778E-03 -6.569E-03 &nbsp;5.824E-03<br> &nbsp; 3 &nbsp;O &nbsp;9.4432 &nbsp;8.9873 &nbsp;9.4494 &nbsp;-2.342E-02 &nbsp;9.196E-03 -1.134E-02<br> &nbsp;INTERFACE| FORCES WRITTEN TO FILE<br><br> RESTART INFORMATION WRITTEN ON FILE &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;./RESTART.1<br><br> ===============================================================<br> &nbsp;INTERFACE| WAIT FOR CONTINUE-FILE ./QMCONTINUE &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<br>====== GROMACS reads &lt;./qmoutput.out&gt; and starts new step ======.<br>Step 73, Epot= &nbsp; &nbsp; &nbsp; -NaNQ, Fnorm= &nbsp; &nbsp;-NaNQ, Fmax=1.369e+03 (atom 4)<br>=========== GROMACS awaits QM-result for present step ==========<br> &nbsp;INTERFACE| CONTINUE QM CALCULATION ./qmoutput.out &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <br> &nbsp;INTERFACE| READING NEW COORDINATES FROM FILE CPMD_inp.run &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <br>"./egointer.f", line 2041: 1525-097 A READ statement using decimal base input <br>found the invalid digit 'N' in the input file. &nbsp;The program will recover by <br>assuming a zero in its place.<br>1525-099 The program is stopping because error recovery is not enabled.<br>ERROR: 0031-300 &nbsp;Forcing all remote tasks to exit due to exit code 1 in task 0<br>ERROR: 0031-250 &nbsp;task 2: Terminated<br>ERROR: 0031-250 &nbsp;task 6: Terminated<br>ERROR: 0031-250 &nbsp;task 1: Terminated<br>ERROR: 0031-250 &nbsp;task 3: Terminated<br>ERROR: 0031-250 &nbsp;task 4: Terminated<br>ERROR: 0031-250 &nbsp;task 5: Terminated<br>ERROR: 0031-250 &nbsp;task 7: Terminated<br></font><div id="MIMEAttachInfoDiv" style="display: none;" title="plain|CPMD_inp.run"></div><font face="monospace" size="3">_______________________________________________<br>gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;gmx-users@gromacs.org<br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a></font>
</blockquote><br>