Dear all:<br>       Thank you very much,Emily Walton!<br>       Thank for all here!<br><br>My pull.ppa file is shown in the following:<br>verbose                = no<br>runtype                = afm<br>ngroups                = 1<br>group_1                = Lig<br>reference_group   = Protein <br>reftype                = com <br>pulldim                = Y Y Y<br>;<br>afm_rate1                 = 0.001 <br>afm_k1                           = 500 <br>afm_dir1                 = 0.588 0.428 -0.686<br>afm_init1                 = 0.788 0.204 0.534<br><br>and the output about AFM in the *.log file is :<br>Initializing pull groups. Inv. mass of group 1: 0.024950<br>Initial coordinates center of mass:    3.966    3.338    3.648<br>Initializing reference group. Inv. mass: 0.000132<br>Initial coordinates center of mass:    3.162    3.127    3.097<br>Initial distance of group 1:    0.998<br><br>Pull rate: 1.000000e-03 nm/ns. Force constant: 5.000000e+02 kJ/(mol nm)<br>Pull direction:    0.806    0.212    0.552<br><br><br>then ,you could find the difference of direction in two files. would you please tell me what makes these different?<br><br>By the way, Gromacs-3.3.1 is run in my PC-linux machines.<br><br>There is another problem. I couldn't find the &quot;force&quot; information in my pull.pdo. There are only the &quot;coordinates&quot; information in this file. Do I need to calculate the &quot;force&quot; value in every step by myself? <br><br> <br><!-- urlfiles --><br><br><!-- footer --><br><br>
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