
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

<head>

  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">

  <title></title>

</head>

<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">

Hi,<br>

<br>

I'm trying to understand how the LJ parameters are determined in the

Gromacs FF, namely the file ffgmxnb.itp. According to the mixing rules

given on page 88 of the manual c6 and c12 for interactions between

atoms should just be the square root of the product of the individual

atom parameters. However when I tried to take the individual c6 and c12

for O and N for example, and mix them according to this rule I come up

with the correct number for for the O - N c6 value, but <i>not </i>for

c12. So I'm curious how the c12 is determined? Here are the numbers I'm

working with, the individual atom parameters taken directly from the

Gromacs FF, file ffgmxnb.tip. The O-N values are what I get from using

the mixing rule combination 1 on p88.<br>

<br>

<img src="cid:part1.00050602.07090009@northwestern.edu" alt=""><br>

<br>

Any insights would be greatly appreciated!<br>

<br>

Nick<br>

</body>

</html>