<HTML><BODY style="word-wrap: break-word; -khtml-nbsp-mode: space; -khtml-line-break: after-white-space; ">Hi,<DIV><BR><DIV><DIV>On Dec 18, 2006, at 10:48 PM, Nicolas Winter wrote:</DIV><BLOCKQUOTE type="cite"> <BR> I'm trying to understand how the LJ parameters are determined in the Gromacs FF, namely the file ffgmxnb.itp. According to the mixing rules given on page 88 of the manual c6 and c12 for interactions between atoms should just be the square root of the product of the individual atom parameters. However when I tried to take the individual c6 and c12 for O and N for example, and mix them according to this rule I come up with the correct number for for the O - N c6 value, but <I>not </I>for c12. So I'm curious how the c12 is determined? Here are the numbers I'm working with, the individual atom parameters taken directly from the Gromacs FF, file ffgmxnb.tip. The O-N values are what I get from using the mixing rule combination 1 on p88.<BR><SPAN><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV></SPAN></BLOCKQUOTE><BR></DIV><DIV>Mixing rules only apply when no specific parameters for an interaction are provided. "Gromacs FF" is mostly GROMOS87 (i.e., don't use it for new runs), which has a handful of exceptions from the standard combination rules.</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>In Gromacs it would actually work fine to _only_ list the exception interactions, and rely on combination rules for the rest, but since GROMOS specifies it as a huge matrix of all combinations it is easier to just copy it.</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>Cheers,</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>Erik</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV></DIV></BODY></HTML>