Hi All,
<br>

&nbsp;I am running Gromacs in a parallel environment using MPICH1.2.7p1.I started 
mdrun on 3 nodes,execution is happening correctly but after that mdrun 
process is not getting killed,i see&nbsp; mdrun process still present on the 
nodes.
<br>


<br>

I have run mdrun with -debug option,following are the lines at the end 
of the log.
<br>


<br>

--------------
<br>

In gmx_finalize. Will try to synchronize the ring
<br>

Succesfully did so! Exiting now.
<br>

--------------
<br>


<br>


<br>

I have checked&nbsp; &quot;$Gromacs-root/src/gmxlib
<div id="mb_0">/network.c&quot; file .I see that in 
&quot;gmx_finalize&quot; function , execution enters the &quot; #ifdef MPICH_NAME &quot; 
block and exits without calling MPI_Finalize() function.Is that the 
reason for MPICH not killing the mdrun process it started on the 
nodes.Following is the &quot;gmx_finalize&quot; function in my setup.
<br>

<br>
void gmx_finalize(t_commrec *cr)
<br>
{
<br>
&nbsp;int ret;
<br>
#ifndef GMX_MPI
<br>
&nbsp;gmx_call(&quot;gmx_finalize&quot;);
<br>
#else
<br>
#ifdef MPICH_NAME
<br>
&nbsp;if (debug)
<br>
&nbsp;&nbsp; fprintf(debug,&quot;In gmx_finalize. Will try to synchronize the ring\n&quot;);
<br>
&nbsp;gmx_sync_ring(cr-&gt;nodeid,cr-&gt;nnodes,cr-&gt;left,cr-&gt;right);
<br>
&nbsp;if (debug)
<br>
&nbsp;&nbsp; fprintf(debug,&quot;Succesfully did so! Exiting now.\n&quot;);
<br>
&nbsp;thanx(stdlog);
<br>
&nbsp;exit(0);
<br>
#else
<br>
&nbsp;if (debug)
<br>
&nbsp;&nbsp; fprintf(debug,&quot;Will call MPI_Finalize now\n&quot;);
<br>
&nbsp;ret = MPI_Finalize();
<br>
&nbsp;if (debug)
<br>
&nbsp;&nbsp; fprintf(debug,&quot;Return code from MPI_Finalize = %d\n&quot;,ret);
<br>
#endif
<br>
#endif
<br>
}
<br>

<br>
Thanks,
<br>
Sharath.

</div>