<html xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:st1="urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">

<head>
<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=us-ascii">
<meta name=Generator content="Microsoft Word 11 (filtered medium)">
<o:SmartTagType namespaceuri="urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags"
 name="country-region"/>
<o:SmartTagType namespaceuri="urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags"
 name="place" downloadurl="http://www.5iantlavalamp.com/"/>
<o:SmartTagType namespaceuri="urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags"
 name="City" downloadurl="http://www.5iamas-microsoft-com:office:smarttags"/>
<o:SmartTagType namespaceuri="urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags"
 name="PlaceName" downloadurl="http://www.5iantlavalamp.com/"/>
<o:SmartTagType namespaceuri="urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags"
 name="PlaceType" downloadurl="http://www.5iantlavalamp.com/"/>
<!--[if !mso]>
<style>
st1\:*{behavior:url(#default#ieooui) }
</style>
<![endif]-->
<style>
<!--
 /* Font Definitions */
 @font-face
        {font-family:"MS Reference Sans Serif";
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
 /* Style Definitions */
 p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {color:purple;
        text-decoration:underline;}
p
        {mso-margin-top-alt:auto;
        margin-right:0cm;
        mso-margin-bottom-alt:auto;
        margin-left:0cm;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman";}
span.EmailStyle17
        {mso-style-type:personal-compose;
        font-family:"MS Reference Sans Serif";
        color:windowtext;
        font-weight:normal;
        font-style:normal;
        text-decoration:none none;}
@page Section1
        {size:612.0pt 792.0pt;
        margin:72.0pt 90.0pt 72.0pt 90.0pt;}
div.Section1
        {page:Section1;}
-->
</style>

</head>

<body lang=EN-US link=blue vlink=purple>

<div class=Section1>

<p class=MsoNormal><font size=1 face="MS Reference Sans Serif"><span
style='font-size:9.0pt;font-family:"MS Reference Sans Serif"'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=1 face="MS Reference Sans Serif"><span
style='font-size:9.0pt;font-family:"MS Reference Sans Serif"'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=1 face="MS Reference Sans Serif"><span
style='font-size:9.0pt;font-family:"MS Reference Sans Serif"'>Dear Gromacs
users,<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=1 face="MS Reference Sans Serif"><span
style='font-size:9.0pt;font-family:"MS Reference Sans Serif"'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=1 face="MS Reference Sans Serif"><span
style='font-size:9.0pt;font-family:"MS Reference Sans Serif"'>I have
simulated&nbsp;12 peptide fragments in a cubic box and I want to use do_dssp
for secondary structure analysis but I am not sure whether Periodic boundary conditions
will be taken in account during assignment (particularly for assigning
betasheets).<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=1 face="MS Reference Sans Serif"><span
style='font-size:9.0pt;font-family:"MS Reference Sans Serif"'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=1 face="MS Reference Sans Serif"><span
style='font-size:9.0pt;font-family:"MS Reference Sans Serif"'>Regards,<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=1 face="MS Reference Sans Serif"><span
style='font-size:9.0pt;font-family:"MS Reference Sans Serif"'>Gurpreet Singh <o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><b><font size=1 face="MS Reference Sans Serif"><span
style='font-size:8.0pt;font-family:"MS Reference Sans Serif";font-weight:bold'>-------------------------------------------------<o:p></o:p></span></font></b></p>

<p class=MsoNormal><st1:place w:st="on"><st1:PlaceType w:st="on"><b><font
  size=1 face="MS Reference Sans Serif"><span style='font-size:8.0pt;
  font-family:"MS Reference Sans Serif";font-weight:bold'>University</span></font></b></st1:PlaceType><b><font
 size=1 face="MS Reference Sans Serif"><span style='font-size:8.0pt;font-family:
 "MS Reference Sans Serif";font-weight:bold'> of <st1:PlaceName w:st="on">Dortmund</st1:PlaceName></span></font></b></st1:place><br>
<b><font size=1 face="MS Reference Sans Serif"><span style='font-size:8.0pt;
font-family:"MS Reference Sans Serif";font-weight:bold'>Department of Chemistry<br>
Physical Chemistry I&nbsp; -&nbsp; Biophysical Chemistry<br>
Otto-Hahn Str. 6<br>
D-44227 <st1:place w:st="on"><st1:City w:st="on">Dortmund</st1:City></st1:place><br>
<st1:place w:st="on"><st1:country-region w:st="on">Germany</st1:country-region></st1:place><br>
Office:&nbsp;&nbsp; C1-06 room 176<br>
Phone:&nbsp; +49 231 755 3916<o:p></o:p></span></font></b></p>

<p class=MsoNormal><b><font size=1 face="MS Reference Sans Serif"><span
style='font-size:8.0pt;font-family:"MS Reference Sans Serif";font-weight:bold'>Fax:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
+49 231 755 3901<o:p></o:p></span></font></b></p>

<p style='margin:0cm;margin-bottom:.0001pt'><b><font size=1
face="MS Reference Sans Serif"><span style='font-size:8.0pt;font-family:"MS Reference Sans Serif";
font-weight:bold'>-------------------------------------------------<o:p></o:p></span></font></b></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

</div>

</body>

</html>