<HTML><BODY style="word-wrap: break-word; -khtml-nbsp-mode: space; -khtml-line-break: after-white-space; "><BR><DIV><DIV>2 jan 2007 kl. 15.05 skrev Hu Zhongqiao:</DIV><BR class="Apple-interchange-newline"><BLOCKQUOTE type="cite"> <DIV><FONT face="Arial" size="2"><SPAN class="922285213-02012007">Thanks, Tsjerk</SPAN></FONT></DIV> <DIV><FONT face="Arial" size="2"><SPAN class="922285213-02012007"></SPAN></FONT> </DIV> <DIV><FONT face="Arial" size="2">&gt; &gt;1) Do I need to use genbox to add H2O twice?<BR>&gt;&gt; In the past, I first used genbox to add H2O and then used genion to add<BR>&gt;&gt; counterion. After that is EM. But now I find, if I use genbox again after<BR>&gt;&gt; genion or even after EM, there are some additional, though very few, H2O<BR>&gt;&gt; molecules will be added into system. So I want to ask if the method to use<BR>&gt;&gt; genbox twice is more reasonable?<BR>&gt;&gt;</FONT></DIV> <DIV><FONT face="Arial" size="2"><BR>&gt;Assuming that you mean placement inside a protein, I don't think it is<BR>&gt;necessary. For the solvent itself or the interface, it really doesn't<BR>&gt;matter. During EM, or even during MD, some cavities may be generated<BR>&gt;which could be filled with a water molecule, but that doesn't mean<BR>&gt;they should be occupied. Of course, it would be interesting to test<BR>&gt;whether your results improve, i.e. one or the other leads to a more<BR>&gt;stable system. In that case, you should also try the placement of<BR>&gt;water by optimization of the orientation (which isn't done using<BR>&gt;genbox and is much more costly).</FONT></DIV> <DIV><FONT face="Arial" size="2"></FONT> </DIV> <DIV><SPAN class="922285213-02012007"><FONT face="Arial" size="2">I am running MD simulation in some protein crystals. I always find that the water density in some big pore within protein crystals is ca. 950 or even 920 kg/m^3 at 300K and SPC model, obvioulsy less than 1000 kg/m^3 (bulk density). I think it will be more reasonable if water density is closer to bulk density, right?</FONT></SPAN></DIV> <DIV><FONT face="Arial" size="2"></FONT><BR></DIV></BLOCKQUOTE><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>SPC bulk density is in fact less than 1000 kg/m^3, more like 970 kg/m^3 i think. Your pore is still less dense than that, but not as far off as you thought.</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>/Erik Marklund</DIV><BR><BLOCKQUOTE type="cite"><DIV> </DIV> <DIV><FONT face="Arial" size="2">&gt;&gt; 2)One or two EM?<BR>&gt;&gt; Some users mention that one EM will be done after adding H2O and the second<BR>&gt;&gt; will be done after adding counterion. In the past, I just did one EM only<BR>&gt; &gt;after adding counterion. Is it more reasonable to do one EM right after<BR>&gt;&gt; adding H2O?<BR>&gt;It's not likely to be necessary. EM (prior to MD) is just to obtain a<BR>&gt;reasonable structure which can be used to start an MD run with,<BR>&gt;without exploding due to bad contacts/strained geometries.</FONT></DIV> <DIV><SPAN class="922285213-02012007"><FONT face="Arial" size="2">You are right in this point. I totally agree with you.</FONT></SPAN></DIV> <DIV> </DIV> <DIV><FONT face="Arial" size="2">&gt;&gt;<BR>&gt; &gt;3) bond-length constraint in EM or not?<BR>&gt;&gt; In the past, I did EM without bond-length constraint. But lately one person,<BR>&gt;&gt; who is obviously more expericed in MD than me, told me that I should do 2<BR>&gt; &gt;EM, 1st with bond-length constraint and 2nd without it. Is it more<BR>&gt;&gt; reasonable?<BR>&gt;Again, not necessary, see point 2.</FONT></DIV> <DIV><FONT face="Arial" size="2"></FONT> </DIV> <DIV><SPAN class="922285213-02012007"><FONT face="Arial" size="2">I wonder if the structure of the system under the study is changed during EM. For example, in my system consisting protein molecules, water and counterion, some bond lengths in protein molecules will be changed if I do EM without bond-lenght constraint. In this case, some changed bond lengths in EM will be kept constant in equilibration and production MDs because I use bond-length constraint. I doubt its validaty. So I am thinking if it is more reasonable to carry out EM with bond-length constraint.</FONT></SPAN></DIV> <DIV> </DIV> <DIV><FONT face="Arial" size="2">&gt;<BR>&gt;&gt;Any comments are welcome.</FONT></DIV> <DIV><FONT face="Arial" size="2"><BR>&gt;I hope this helps.</FONT></DIV> <DIV> </DIV> <DIV><FONT face="Arial" size="2">Cheers,</FONT></DIV> <DIV> </DIV> <DIV><FONT face="Arial" size="2">Tsjerk<BR></FONT></DIV> <DIV> </DIV> <DIV align="left"> <DIV align="left"><FONT face="Times New Roman" size="4">Zhongqiao Hu</FONT></DIV> <DIV align="left"><FONT face="Times New Roman"></FONT> </DIV> <DIV align="left"><FONT face="Times New Roman">Lab E5-04-27</FONT></DIV> <DIV align="left"> <DIV align="left"><FONT face="Times New Roman">Tel: 65161946(O)</FONT></DIV></DIV> <DIV align="left"><FONT face="Times New Roman">Department of Chemical and Biomolecular Engineering</FONT></DIV> <DIV align="left"><FONT face="Times New Roman">National University of Singapore</FONT></DIV> <DIV align="left"><FONT face="Times New Roman">117576, Singapore</FONT></DIV> <DIV align="left"><FONT face="Times New Roman"></FONT> </DIV></DIV> <DIV> </DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">_______________________________________________</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">gmx-users mailing list<SPAN class="Apple-converted-space">    </SPAN><A href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><A href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</A></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<SPAN class="Apple-converted-space"> </SPAN></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">www interface or send it to <A href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</A>.</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Can't post? Read <A href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</A></DIV> </BLOCKQUOTE></DIV><BR></BODY></HTML>