<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=us-ascii">
<META content="MSHTML 6.00.2900.3020" name=GENERATOR></HEAD>
<BODY>
<DIV><FONT face=Arial size=2><SPAN class=922285213-02012007>Thanks, 
Tsjerk</SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2><SPAN 
class=922285213-02012007></SPAN></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>&gt; &gt;1) Do I need to use genbox to add H2O 
twice?<BR>&gt;&gt; In the past, I first used genbox to add H2O and then used 
genion to add<BR>&gt;&gt; counterion. After that is EM. But now I find, if I use 
genbox again after<BR>&gt;&gt; genion or even after EM, there are some 
additional, though very few, H2O<BR>&gt;&gt; molecules will be added into 
system. So I want to ask if the method to use<BR>&gt;&gt; genbox twice is more 
reasonable?<BR>&gt;&gt;</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2><BR>&gt;Assuming that you mean placement inside a 
protein, I don't think it is<BR>&gt;necessary. For the solvent itself or the 
interface, it really doesn't<BR>&gt;matter. During EM, or even during MD, some 
cavities may be generated<BR>&gt;which could be filled with a water molecule, 
but that doesn't mean<BR>&gt;they should be occupied. Of course, it would be 
interesting to test<BR>&gt;whether your results improve, i.e. one or the other 
leads to a more<BR>&gt;stable system. In that case, you should also try the 
placement of<BR>&gt;water by optimization of the orientation (which isn't done 
using<BR>&gt;genbox and is much more costly).</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><SPAN class=922285213-02012007><FONT face=Arial size=2>I am running MD 
simulation in some protein crystals. I always&nbsp;find that the water density 
in some big pore within protein crystals&nbsp;is ca. 950 or even 920 kg/m^3 at 
300K and SPC model, obvioulsy less than 1000 kg/m^3 (bulk density). I think it 
will be more reasonable if water density is closer to bulk density, 
right?</FONT></SPAN></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>&gt;&gt; 2)One or two EM?<BR>&gt;&gt; Some users 
mention that one EM will be done after adding H2O and the second<BR>&gt;&gt; 
will be done after adding counterion. In the past, I just did one EM 
only<BR>&gt; &gt;after adding counterion. Is it more reasonable to do one EM 
right after<BR>&gt;&gt; adding H2O?<BR>&gt;It's not likely to be necessary. EM 
(prior to MD) is just to obtain a<BR>&gt;reasonable structure which can be used 
to start an MD run with,<BR>&gt;without exploding due to bad contacts/strained 
geometries.</FONT></DIV>
<DIV><SPAN class=922285213-02012007><FONT face=Arial size=2>You are right in 
this point. I totally agree with you.</FONT></SPAN></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>&gt;&gt;<BR>&gt; &gt;3) bond-length constraint in 
EM or not?<BR>&gt;&gt; In the past, I did EM without bond-length constraint. But 
lately one person,<BR>&gt;&gt; who is obviously more expericed in MD than me, 
told me that I should do 2<BR>&gt; &gt;EM, 1st with bond-length constraint and 
2nd without it. Is it more<BR>&gt;&gt; reasonable?<BR>&gt;Again, not necessary, 
see point 2.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><SPAN class=922285213-02012007><FONT face=Arial size=2>I wonder if the 
structure of the system under the study is changed during EM. For example, in my 
system consisting protein molecules, water and counterion, some bond lengths in 
protein molecules will be changed if I do EM without bond-lenght 
constraint.&nbsp;In this case, some&nbsp;changed bond lengths in EM will be kept 
constant in equilibration and production MDs because I use bond-length 
constraint. I doubt its validaty. So I am thinking if it is more reasonable to 
carry out EM with bond-length constraint.</FONT></SPAN></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>&gt;<BR>&gt;&gt;Any comments are 
welcome.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2><BR>&gt;I hope this helps.</FONT></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Cheers,</FONT></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Tsjerk<BR></FONT></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV align=left>
<DIV align=left><FONT face="Times New Roman" size=4>Zhongqiao Hu</FONT></DIV>
<DIV align=left><FONT face="Times New Roman"></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV align=left><FONT face="Times New Roman">Lab E5-04-27</FONT></DIV>
<DIV align=left>
<DIV align=left><FONT face="Times New Roman">Tel: 65161946(O)</FONT></DIV></DIV>
<DIV align=left><FONT face="Times New Roman">Department of Chemical and 
Biomolecular Engineering</FONT></DIV>
<DIV align=left><FONT face="Times New Roman">National University of 
Singapore</FONT></DIV>
<DIV align=left><FONT face="Times New Roman">117576, Singapore</FONT></DIV>
<DIV align=left><FONT face="Times New Roman"></FONT>&nbsp;</DIV></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV></BODY></HTML>