Hello all,<br><br>I have minimized the pdb file and wish to do mdrun for position restrain dynamics.&nbsp; <br>For this when I run grompp programm, it is showing error as follows. I don&#39;t understand why it is showing this error:
<br><br>processing coordinates...<br>double-checking input for internal consistency...<br>Velocities were taken from a Maxwell distribution at 300 K<br>Reading position restraint coords from 2HT1_b4pr.gro<br>renumbering atomtypes...
<br>converting bonded parameters...<br>#&nbsp; G96ANGLES:&nbsp;&nbsp; 9382<br>#&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; PDIHS:&nbsp;&nbsp; 3544<br>#&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; IDIHS:&nbsp;&nbsp; 2984<br>#&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ14:&nbsp;&nbsp; 10898<br>#&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; POSRES:&nbsp;&nbsp; 5054<br>#&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CONSTR:&nbsp;&nbsp; 6472<br>#&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SETTLE:&nbsp;&nbsp; 25639<br>Walking down the molecule graph to make shake-blocks
<br>initialising group options...<br>processing index file...<br>Analysing residue names:<br>Opening library file /users/soft/GromacsSingle/share/gromacs/top/aminoacids.dat<br>There are: 25641&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OTHER residues<br>There are:&nbsp;&nbsp; 648&nbsp;&nbsp;&nbsp; PROTEIN residues
<br>There are:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; DNA residues<br>Analysing Protein...<br>Analysing Other...<br>Making dummy/rest group for T-Coupling containing 10 elements<br>-------------------------------------------------------<br>Program grompp, VERSION 
3.3<br>Source code file: readir.c, line: 1131<br><br>Fatal error:<br>Not enough ref_t and tau_t values!<br>-------------------------------------------------------<br><br>&quot;I was detained, I was restrained&quot; (The Smiths)
<br><br><br clear="all"> <br>Please anybody tell me what is wrong here ?<br>for the reference  I have attached pr.mdp file<br><br>Thanking you in advance......<br><br><br>-- Dhananjay <br>