I am going to start by quoting: Chapter 3&nbsp; of the Gromacs manual (page 14)<br><br>&quot;length of each box vector must exceed the length of the macromolecule in the direction of that edge plus two times the cutoff radius Rc&quot;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Then it states:
<br><br><span style="font-style: italic;">&quot;It is common to compormize in this respect and make the solvant layer somewhat smaller in order to reduce the computational cost&quot;</span><br><br>For a protein aligned along the z-axis in a lipid .&nbsp;&nbsp; The protein length is 
5.3 nm and the lipid layer (already equilibraited with solvants) is 6.73 nm. &nbsp; I am using a cubic box.<br><br>&nbsp;I have no problem with the x and y edges&nbsp; which are long to accomodate enough lipid molecules.<br><br>My questions:
<br>1. Protein is closer to one edge than the other.&nbsp; Does this make any difference?&nbsp; <br>&nbsp;&nbsp; The solvants are part of equilibritaed lipid.<br><br>Along protein axis:<br>&nbsp;&nbsp; a.&nbsp; The periodic image is 1.43 nm away.&nbsp;&nbsp; (along protein axis)
<br>&nbsp;&nbsp; b.&nbsp; The distance between the protein and its mirror image is:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.8 nm&nbsp; on one side and 2.0 nm on the other side?&nbsp;&nbsp; (These affect PME - coulmb interactions).&nbsp; Will these cause trouble?<br><br>2. Is it necessary to keep the protein at least 
1.5 nm away from the edges normal to z-axis?&nbsp; This more than doubles the number of solvant molecules.&nbsp;&nbsp;&nbsp; ---- <br><br>I have simulations with less than 50,000 atoms (protein, solvants, and KcsA).&nbsp; But no one realy says much about the box sizes.&nbsp;&nbsp;  
<br><br>What is the common practice?&nbsp; Please give examples?<br>and <br>How much compromise is acceptable ?&nbsp; &quot;<span style="font-style: italic;">It is common to compormize in this respect&nbsp; !!!&quot;<br><br>Thanks<br>Mohamed Osman
<br><span style="font-style: italic;"><br>=======================<br></span>Professor of Electrical Engineering<br>Washington State University<br>Pullman, WA 99164-2752<br></span><br>