
<html xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">


<head>

<meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=ks_c_5601-1987">

<meta name=Generator content="Microsoft Word 11 (filtered medium)">

<style>

<!--

 /* Font Definitions */

 @font-face

        {font-family:바탕;

        panose-1:2 3 6 0 0 1 1 1 1 1;}

@font-face

        {font-family:굴림;

        panose-1:2 11 6 0 0 1 1 1 1 1;}

@font-face

        {font-family:굴림체;

        panose-1:2 11 6 9 0 1 1 1 1 1;}

@font-face

        {font-family:"\@굴림체";

        panose-1:2 11 6 9 0 1 1 1 1 1;}

@font-face

        {font-family:"\@굴림";

        panose-1:2 11 6 0 0 1 1 1 1 1;}

@font-face

        {font-family:"\@바탕";

        panose-1:2 3 6 0 0 1 1 1 1 1;}

 /* Style Definitions */

 p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal

        {margin:0cm;

        margin-bottom:.0001pt;

        text-align:justify;

        text-justify:inter-ideograph;

        text-autospace:none;

        word-break:break-hangul;

        font-size:10.0pt;

        font-family:바탕;}

a:link, span.MsoHyperlink

        {color:blue;

        text-decoration:underline;}

a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed

        {color:purple;

        text-decoration:underline;}

p.MsoPlainText, li.MsoPlainText, div.MsoPlainText

        {margin:0cm;

        margin-bottom:.0001pt;

        text-align:justify;

        text-justify:inter-ideograph;

        text-autospace:none;

        word-break:break-hangul;

        font-size:10.0pt;

        font-family:바탕;}

span.EmailStyle17

        {mso-style-type:personal-compose;

        font-family:굴림;

        color:windowtext;}

 /* Page Definitions */

 @page Section1

        {size:595.3pt 841.9pt;

        margin:99.25pt 55.45pt 3.0cm 55.45pt;

        layout-grid:18.0pt;}

div.Section1

        {page:Section1;}

-->

</style>


</head>


<body lang=KO link=blue vlink=purple>


<div class=Section1 style='layout-grid:18.0pt'>


<p class=MsoPlainText><font size=2 face=굴림체><span lang=EN-US style='font-size:

10.0pt;font-family:굴림체'>Dear GROMACS users,<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoPlainText><font size=2 face=굴림체><span lang=EN-US style='font-size:

10.0pt;font-family:굴림체'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>


<p class=MsoPlainText><font size=2 face=굴림체><span lang=EN-US style='font-size:

10.0pt;font-family:굴림체'>I am trying to run md of a protein with a non-standard

residue.<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoPlainText><font size=2 face=굴림체><span lang=EN-US style='font-size:

10.0pt;font-family:굴림체'>It was fine up until I ran mdrun with pr.mdp, where I

received a LINCS warning after 20 steps (0.042 ps).<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoPlainText><font size=2 face=굴림체><span lang=EN-US style='font-size:

10.0pt;font-family:굴림체'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>


<p class=MsoPlainText><font size=2 face=굴림체><span lang=EN-US style='font-size:

10.0pt;font-family:굴림체'>Step 21, time 0.042 (ps)&nbsp; LINCS WARNING<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoPlainText><font size=2 face=굴림체><span lang=EN-US style='font-size:

10.0pt;font-family:굴림체'>relative constraint deviation after LINCS:<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoPlainText><font size=2 face=굴림체><span lang=EN-US style='font-size:

10.0pt;font-family:굴림체'>max 236965036032.000000 (between atoms 261 and 262) rms

7344678400.000000<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoPlainText><font size=2 face=굴림체><span lang=EN-US style='font-size:

10.0pt;font-family:굴림체'>bonds that rotated more than 30 degrees:<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoPlainText><font size=2 face=굴림체><span lang=EN-US style='font-size:

10.0pt;font-family:굴림체'>&nbsp;atom 1 atom 2&nbsp; angle&nbsp; previous,

current, constraint length<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoPlainText><font size=2 face=굴림체><span lang=EN-US style='font-size:

10.0pt;font-family:굴림체'>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 250&nbsp;&nbsp;&nbsp;

252&nbsp;&nbsp; 70.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1331&nbsp;&nbsp;

0.0388&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1330<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoPlainText><font size=2 face=굴림체><span lang=EN-US style='font-size:

10.0pt;font-family:굴림체'>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 252&nbsp;&nbsp;&nbsp; 253&nbsp;

133.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp; 0.1070&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

0.1000<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoPlainText><font size=2 face=굴림체><span lang=EN-US style='font-size:

10.0pt;font-family:굴림체'>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 252&nbsp;&nbsp;&nbsp; 254&nbsp;

113.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1471 584679.3560&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1470<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoPlainText><font size=2 face=굴림체><span lang=EN-US style='font-size:

10.0pt;font-family:굴림체'>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 254&nbsp;&nbsp;&nbsp;

255&nbsp;&nbsp; 99.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1531

4371462.3199&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoPlainText><font size=2 face=굴림체><span lang=EN-US style='font-size:

10.0pt;font-family:굴림체'>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 254&nbsp;&nbsp;&nbsp; 268&nbsp;

113.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1531 584679.3412&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoPlainText><font size=2 face=굴림체><span lang=EN-US style='font-size:

10.0pt;font-family:굴림체'>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 255&nbsp;&nbsp;&nbsp; 256&nbsp;

104.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1531 14918575.9155&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

0.1530<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoPlainText><font size=2 face=굴림체><span lang=EN-US style='font-size:

10.0pt;font-family:굴림체'>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 256&nbsp;&nbsp;&nbsp;

257&nbsp;&nbsp; 94.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1391

71642892.3147&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1390<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoPlainText><font size=2 face=굴림체><span lang=EN-US style='font-size:

10.0pt;font-family:굴림체'>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 256&nbsp;&nbsp;&nbsp; 259&nbsp;

118.9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1391 9989150.8212&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

0.1390<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoPlainText><font size=2 face=굴림체><span lang=EN-US style='font-size:

10.0pt;font-family:굴림체'>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 257&nbsp;&nbsp;&nbsp;

258&nbsp;&nbsp; 94.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1090

53680649.8250&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1090<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoPlainText><font size=2 face=굴림체><span lang=EN-US style='font-size:

10.0pt;font-family:굴림체'>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 257&nbsp;&nbsp;&nbsp;

261&nbsp;&nbsp; 92.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1391

165281594.0708&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1390<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoPlainText><font size=2 face=굴림체><span lang=EN-US style='font-size:

10.0pt;font-family:굴림체'>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 259&nbsp;&nbsp;&nbsp; 260&nbsp;

167.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1090 3058365.4015&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

0.1090<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoPlainText><font size=2 face=굴림체><span lang=EN-US style='font-size:

10.0pt;font-family:굴림체'>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 259&nbsp;&nbsp;&nbsp; 263&nbsp;

102.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1391 23632615.9567&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

0.1390<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoPlainText><font size=2 face=굴림체><span lang=EN-US style='font-size:

10.0pt;font-family:굴림체'>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 261&nbsp;&nbsp;&nbsp;

262&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1090

25829189100.6878&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1090<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoPlainText><font size=2 face=굴림체><span lang=EN-US style='font-size:

10.0pt;font-family:굴림체'>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 261&nbsp;&nbsp;&nbsp;

265&nbsp;&nbsp; 93.5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1391

151539192.8914&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1390<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoPlainText><font size=2 face=굴림체><span lang=EN-US style='font-size:

10.0pt;font-family:굴림체'>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 263&nbsp;&nbsp;&nbsp; 264&nbsp;

102.7 &nbsp;&nbsp;&nbsp;0.1090 23369011.4797&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

0.1090<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoPlainText><font size=2 face=굴림체><span lang=EN-US style='font-size:

10.0pt;font-family:굴림체'>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 263&nbsp;&nbsp;&nbsp;

265&nbsp;&nbsp; 99.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1391

51420376.9215&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1390<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoPlainText><font size=2 face=굴림체><span lang=EN-US style='font-size:

10.0pt;font-family:굴림체'>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 265&nbsp;&nbsp;&nbsp;

266&nbsp;&nbsp; 96.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1361

61029666.4858&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoPlainText><font size=2 face=굴림체><span lang=EN-US style='font-size:

10.0pt;font-family:굴림체'>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 266&nbsp;&nbsp;&nbsp;

267&nbsp;&nbsp; 93.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000

22670607.4602&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoPlainText><font size=2 face=굴림체><span lang=EN-US style='font-size:

10.0pt;font-family:굴림체'>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 268&nbsp;&nbsp;&nbsp; 269&nbsp;

123.5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1230&nbsp;&nbsp; 0.1132&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.1230<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoPlainText><font size=2 face=굴림체><span lang=EN-US style='font-size:

10.0pt;font-family:굴림체'>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 268&nbsp;&nbsp;&nbsp;

270&nbsp;&nbsp; 89.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1331&nbsp;&nbsp;

0.0916&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1330<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoPlainText><font size=2 face=굴림체><span lang=EN-US style='font-size:

10.0pt;font-family:굴림체'>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 270&nbsp;&nbsp;&nbsp;

271&nbsp;&nbsp; 32.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp;

0.1280&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoPlainText><font size=2 face=굴림체><span lang=EN-US style='font-size:

10.0pt;font-family:굴림체'>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 270&nbsp;&nbsp;&nbsp;

272&nbsp;&nbsp; 32.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1471&nbsp;&nbsp;

0.1820&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1470<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoPlainText><font size=2 face=굴림체><span lang=EN-US style='font-size:

10.0pt;font-family:굴림체'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>


<p class=MsoPlainText><font size=2 face=굴림체><span lang=EN-US style='font-size:

10.0pt;font-family:굴림체'>I looked up the mailing list and found discussion about

this subject but there appears to be no conclusions.<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoPlainText><font size=2 face=굴림체><span lang=EN-US style='font-size:

10.0pt;font-family:굴림체'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>


<p class=MsoPlainText><font size=2 face=굴림체><span lang=EN-US style='font-size:

10.0pt;font-family:굴림체'>Any suggestions would be greatly appreciated.<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoPlainText><font size=2 face=굴림체><span lang=EN-US style='font-size:

10.0pt;font-family:굴림체'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>


<p class=MsoPlainText><font size=2 face=굴림체><span lang=EN-US style='font-size:

10.0pt;font-family:굴림체'>Sanghwa Han<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoNormal><font size=2 face=굴림><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;

font-family:굴림'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>


</div>


</body>


</html>