Dear Gurus,<br>I&#39;ve got question on Radius of gyrtion calculation.<br>my system consists of 1 polymer and a solvent.<br>I did MD and decide to calculate Rg for this system<br>I made index group consisting my residues<br>
g_gyrate -f xtc_file -s tpr_file -n ndx_file -p -o xvg_output<br>ok. I&#39;ve got the output file with 4 colums: time Rg Rx Ry Rz<br>I use -p option to get components in principal axes, because I&#39; d like to calculate form-factors for my system.
<br><br>as I undersand Rg = sqrt ( sum_{i}^{N} r_i*m_i)/M)<br>ok. then fx=Rx/Rg^2, fy=Ry/Rg^2, fz=Rz/Rg^2<br>and I&nbsp; wish to get fx+fy+fz=1 but it is not so.<br>where I&#39;m mistaken?<br>How does components Rxyz in principal axes are calculated?
<br>I&#39;m using gromacs 3.3.1<br>Thanks a lot.<br clear="all"><br>-- <br>Dmitriy Golubovsky