Hi to All,<br><br>I have some simulations of the same protein in different solvents, with different number of atoms for each (different solvent number of atoms). <br>I would like to calculate a rmsd matrix to compar the backbone of the different sims.<br><br>I have tried g_rms with the -f2 option to include the second trajectory, however it finishes with a fatal error because teh number of total atoms is different in both trajectories.<br><br>Does anybody know how to solve this question? Is it possible to produce the rmsd matrix in a different way?<br><br>Thanks in advance<br><br>Afonso<br><p>&#32;__________________________________________________<br>Fale com seus amigos  de graça com o novo Yahoo! Messenger <br>http://br.messenger.yahoo.com/