<div>Hi Gireesh,<br><br>Please attach your output of mdrun, qmoutput.out and qm_cpmd.out. <br>I suspect you are having this problem from reading the qmoutput.out;<br>If the corresponding values are zero there then the problem is in the<br>writing of qmoutput.out. Please also let me know whether you are<br>using single or double precision for Gromacs and what kind of system<br>(computer) you are using. These will help to sort out the problem.<br><br>pb.<br><br><br></div><font color="#990099">-----gmx-users-bounces@gromacs.org wrote: -----<br><br></font><blockquote style="border-left: 2px solid rgb(0, 0, 0); padding-right: 0px; padding-left: 5px; margin-left: 5px; margin-right: 0px;">To: gmx-users@gromacs.org<br>From: Gireesh M Krishnan &lt;gireesh_ktm@yahoo.co.in&gt;<br>Sent by: gmx-users-bounces@gromacs.org<br>Date: 02/07/2007 04:59AM<br>Subject: [gmx-users] problems with QM/MM in gromacs-CPMD<br><br><font face="monospace" size="3">Dear gromacs users,<br>I wanted to run a QM/MM calculation in gromacs. we<br>have installed the Gromacs-CPMD interface in our<br>system. In order to make a test run, i tried to run<br>one of the examples provided- ie. energy minimization<br>of H2O dimer. I have chosen the top, gro, mdp files<br>given and tried to run. also I have the bond type of<br>QM atoms to 5 in the topology file. though program<br>seemed finished successfully, but in the 'qm_cpmd.out'<br>file the QM forces have been written as all zero! &nbsp;it<br>printed as follows<br><br> Printing QM forces on QM atoms in A.U.<br>3 0.000000 0.000000 0.000000<br>4 0.000000 0.000000 0.000000<br>5 0.000000 0.000000 0.000000<br>QM-Energies: internal = 0.000000, external = 0.000000<br> &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<br> &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<br> &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <br> Printing QM/MM forces on inner layer atoms in AU<br>0 0.000000 0.000000 0.000000<br>1 0.000000 0.000000 0.000000<br>2 0.000000 0.000000 0.000000<br> &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<br> &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<br> &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <br> QM &amp; QM/MM forces after qm-call in KJ/mol/nm<br>0 0.000000 0.000000 0.000000<br>1 0.000000 0.000000 0.000000<br>2 0.000000 0.000000 0.000000<br>3 0.000000 0.000000 0.000000<br>4 0.000000 0.000000 0.000000<br>5 0.000000 0.000000 0.000000<br><br>from this output can anyone speculate what might have<br>gone wrong? any advice or suggestion will be very much<br>helpful..<br>thanks in advance<br><br>Gireesh<br><br><br><span style="visibility: hidden;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</span>        <span style="visibility: hidden;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</span>        <br>__________________________________________________________<br>Yahoo! India Answers: Share what you know. Learn something new<br><a href="http://in.answers.yahoo.com/">http://in.answers.yahoo.com/</a><br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;gmx-users@gromacs.org<br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></font>
</blockquote><br>