<div><STRONG><FONT face="times new roman" size=3>Dear Sir,</FONT></STRONG></div>  <div><STRONG><FONT face="Times New Roman" size=3></FONT></STRONG>&nbsp;</div>  <div><STRONG><FONT face="times new roman" size=3>&nbsp;&nbsp;&nbsp; I am facing one&nbsp; problem, I gave the MD run of a protein of approximately 70 residues for 10ns, after 1 ns run part of protein was&nbsp;getting out of the waterbox and at the end of 10 ns I found that almost half of the protein was coming out of the waterbox,&nbsp;I&nbsp;gave the simulation under NPT condition at 46C and 1BAR&nbsp;pressure,&nbsp;I used&nbsp; 43a1 force field and spc water.</FONT></STRONG></div>  <div><STRONG><FONT face="Times New Roman" size=3></FONT></STRONG>&nbsp;</div>  <div><STRONG><FONT face="Times New Roman" size=3>This is my md.mdp file</FONT></STRONG></div>  <div><STRONG><FONT face="Times New Roman"></FONT></STRONG>&nbsp;</div>  <div><STRONG><FONT face="Times New Roman">&nbsp;<FONT color=#7f007f
 size=3>title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; Yo<BR>cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; /usr/bin/cpp<BR>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; all-bonds<BR>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; md<BR>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.002&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; ps !<BR>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 5000000&nbsp; ; total 10 ns.<BR>nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1<BR>nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 250<BR>nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;
 1000<BR>nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0<BR>nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 100<BR>nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 100<BR>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10<BR>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; grid<BR>pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; xyz<BR>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; PME<BR>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.9<BR>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.9<BR>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;
 0.9<BR>fourierspacing&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.12<BR>pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 4<BR>ewald_rtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1e-5<BR>; Berendsen temperature coupling is on in two groups<BR>Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; berendsen<BR>tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; Protein&nbsp; SOL<BR>tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1<BR>ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 319&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 319<BR>; Energy monitoring<BR>energygrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; Protein&nbsp; SOL<BR>; Isotropic pressure coupling is now
 on<BR>Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; berendsen<BR>Pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = isotropic<BR>tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.5<BR>compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 4.5e-5<BR>ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0<BR>; Generate velocites is off at 300 K.<BR>gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; no<BR>gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 319.0<BR>gen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 173529<BR></FONT></FONT></STRONG></div>  <div><STRONG><FONT face="Times New Roman" size=3>I used the 43a1 force field, and prepared the water box by the commands </FONT></STRONG></div>  <div><STRONG><FONT face="Times
 New Roman" color=#007f40 size=3>editconf -bt triclinic -f conf.pdb -o box.pdb -c -d 1.0 </FONT></STRONG></div>  <div><STRONG><FONT face="Times New Roman" color=#007f40 size=3>genbox -cp box.pdb -cs spc216 -o water.pdb -p topol.top</FONT></STRONG></div>  <div><STRONG><FONT face="Times New Roman" color=#007f40 size=3></FONT></STRONG>&nbsp;</div>  <div><STRONG><FONT face="Times New Roman" color=#007f40 size=3><FONT color=#000000>But I wonder that</FONT> </FONT><FONT face="times new roman">&nbsp;<FONT size=3>while executing the command</FONT></FONT></STRONG><FONT size=3> </FONT></div>  <div><FONT color=#007f40><FONT size=3><STRONG><FONT face="times new roman">grompp -f em.mdp -c water.pdb -p topol.top -o em.tpr</FONT></STRONG> </FONT></FONT></div>  <div><FONT color=#007f40 size=3></FONT>&nbsp;</div>  <div><FONT color=#007f40><FONT size=3><FONT face="times new roman" color=#000000><STRONG>it did not display any charge , so I did not add any counterion to my protein, in the
 subsequent steps em.pdb and pr.mdp files were produced and in both the cases the protein was almost in&nbsp; the centre of the box, while I took the snapshot after 1ns&nbsp;the protein was still at the&nbsp;centre , but after 1 ns it was coming to one corner of the box, and finally almost half of it was outside the box when I completed the run, I can not detect why it is coming outside the box?</STRONG></FONT></FONT></FONT></div>  <div>&nbsp;</div>  <div><FONT color=#007f40><FONT size=3><FONT face="times new roman" color=#000000><STRONG>Where am I doing mistake? Another question is how can I understand that the simulation has been completed successfully?</STRONG></FONT></FONT></FONT></div>  <div><FONT color=#007f40><FONT size=3><FONT face="times new roman" color=#000000><STRONG>Please help.</STRONG></FONT></FONT></FONT></div>  <div><FONT color=#007f40><FONT size=3><FONT face="times new roman" color=#000000><STRONG>regards</STRONG></FONT></FONT></FONT></div>  <div><FONT
 color=#007f40><FONT size=3><FONT face="times new roman" color=#000000><STRONG>SANGEETA&nbsp;&nbsp;</STRONG></FONT></FONT></FONT></div>  <div><STRONG><FONT face="Times New Roman" color=#007f7f size=3></FONT></STRONG>&nbsp;</div>  <div><STRONG><FONT face="Times New Roman" size=3></FONT></STRONG>&nbsp;</div>  <div><STRONG><FONT face="Times New Roman" size=3>&nbsp;</FONT></STRONG></div>  <div>&nbsp;&nbsp;&nbsp; </div><p>&#32;
        

        
                <hr size=1></hr> 
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