<div><STRONG><FONT face="comic sans ms" color=#407f00>THANKS A LOT TO ERIK AND MARK</FONT></STRONG></div>  <div><STRONG><FONT face="comic sans ms" color=#407f00></FONT></STRONG>&nbsp;</div>  <div>regards</div>  <div>SANGEETA<BR><BR><B><I>Mark Abraham &lt;Mark.Abraham@anu.edu.au&gt;</I></B> wrote:</div>  <BLOCKQUOTE class=replbq style="PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #1010ff 2px solid">sangeeta kundu wrote:<BR>&gt; *Dear Sir,*<BR>&gt; ** <BR>&gt; * I am facing one problem, I gave the MD run of a protein of <BR>&gt; approximately 70 residues for 10ns, after 1 ns run part of protein <BR>&gt; was getting out of the waterbox and at the end of 10 ns I found that <BR>&gt; almost half of the protein was coming out of the waterbox, I gave the <BR>&gt; simulation under NPT condition at 46C and 1BAR pressure, I used 43a1 <BR>&gt; force field and spc water.*<BR><BR>The protein can't come out of the box... the box is periodic. The <BR>protein can *look* like it's come
 out of the box if your visualization <BR>software doesn't know that the system is periodic.<BR><BR>&gt; *I used the 43a1 force field, and prepared the water box by the commands *<BR>&gt; *editconf -bt triclinic -f conf.pdb -o box.pdb -c -d 1.0 *<BR>&gt; *genbox -cp box.pdb -cs spc216 -o water.pdb -p topol.top*<BR>&gt; ** <BR>&gt; *But I wonder that while executing the command*<BR>&gt; *grompp -f em.mdp -c water.pdb -p topol.top -o em.tpr*<BR>&gt; <BR>&gt; *it did not display any charge ,<BR><BR>Okay, take a step back here. If you didn't know whether the protein <BR>should be charged before reaching this point of the system setup, then <BR>you haven't stopped to consider whether your simulation is actually <BR>modeling anything close to a real physical system. What ionization state <BR>do you expect for the ionizable residues? If you put garbage into an MD <BR>simulation you get computationally expensive garbage out...<BR><BR>&gt; so I did not add any counterion to my
 <BR>&gt; protein, in the subsequent steps em.pdb and pr.mdp files were produced <BR>&gt; and in both the cases the protein was almost in the centre of the box, <BR>&gt; while I took the snapshot after 1ns the protein was still at the centre <BR>&gt; , but after 1 ns it was coming to one corner of the box, and finally <BR>&gt; almost half of it was outside the box when I completed the run, I can <BR>&gt; not detect why it is coming outside the box?*<BR><BR>It's not, but the trajectory is written without attention to the <BR>periodicity, since mdrun doesn't know in advance that you plan to <BR>visualize and it would be convenient if a particular molecule was always <BR>at the center of the simulation box, and you can always reconstruct the <BR>"correct" images later (and it would be inefficient for you to tell <BR>mdrun in advance). If you do care, you can use the options to trjconv to <BR>choose something sensible. See the man pages.<BR><BR>&gt; *Where am I doing mistake?
 Another question is how can I understand that <BR>&gt; the simulation has been completed successfully?*<BR><BR>First, you need to know what you are hoping to learn from the simulation...<BR><BR>Mark<BR>_______________________________________________<BR>gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<BR>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <BR>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<BR></BLOCKQUOTE><BR><p>&#32;
        

        
                <hr size=1></hr> 
Here’s a new way to find what you're looking for - <a href="http://us.rd.yahoo.com/mail/in/yanswers/*http://in.answers.yahoo.com/">Yahoo! Answers</a>