Hello all,<br><br>I am trying to generate an index file for a box of solvent, and I must be missing a key detail somewhere...<br>The following is the command that I am using:<br><br>make_ndx -f conf.gro -o index.ndx<br><br>
The conf.gro that I am using is the same as one of those provided in the &#39;top&#39; folder, which is included in the GROMACS distribution.&nbsp; The program starts, but fails to see the individual atoms that are in each residue.&nbsp; In other words, the 
index.ndx that is produced is a trivial one - all it produces is a list with every single atom number in the configuration file.<br>What is missing here?&nbsp; Why does make_ndx not see the individual atoms in the configuration file?
<br><br>Thanks to all for any responses!<br><br>Camilo<br>