<div>Pardon my ignorance of Linux...but after remembering I did the standard install I went searching for /usr/local/ and gromacs is definitely in there. I typed the &quot;which mdrun&quot; and I just got some no-result message. So if the paths are my problem...do I just edit the .bash_profile in the home/russell/ directy as I have it?
</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>Thanks,</div>
<div>Russell Green<br><br>&nbsp;</div>
<div><span class="gmail_quote">On 2/9/07, <b class="gmail_sendername">Dallas B. Warren</b> &lt;<a href="mailto:Dallas.Warren@vcp.monash.edu.au">Dallas.Warren@vcp.monash.edu.au</a>&gt; wrote:</span>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">Type &quot;which mdrun&quot;.<br><br>That should return to tell you if that script is within your path.<br>
<br>If it returns that it isn&#39;t, then you need to find where GROMACS was<br>installed.<br><br>Did you do the standard GROMACS installation?&nbsp;&nbsp;Or did you specify your<br>own directories / locations to install it?<br><br>
Catch ya,<br><br>Dr. Dallas Warren<br>Lecturer<br>Department of Pharmaceutical Biology and Pharmacology<br>Victorian College of Pharmacy, Monash University<br>381 Royal Parade, Parkville VIC 3010<br><a href="mailto:dallas.warren@vcp.monash.edu.au">
dallas.warren@vcp.monash.edu.au</a><br>+61 3 9903 9524<br>---------------------------------<br>When the only tool you own is a hammer, every problem begins to resemble<br>a nail.<br>_______________________________________________
<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the
<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php
</a><br></blockquote></div><br>