<BR><BR><B><I>"Naser, Md Abu " &lt;mn2@hw.ac.uk&gt;</I></B> wrote:  <BLOCKQUOTE class=replbq style="PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #1010ff 2px solid">  <div>  <META content="MS Exchange Server version 6.5.6944.0" name=Generator><!-- Converted from text/plain format -->Yes Abu, </div>  <div>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I have seen it, while executing do_dssp&nbsp;with the .xtc file I have seen those commands.</div>  <div>&nbsp;</div>  <div>regards</div>  <div>SANGEETA<BR></div>  <div><FONT size=2>Hi Sangeeta,<BR><BR><BR>Your out dose not say that the programme is really running.<BR>Can you try with .trr and .tpr file and see you get something at<BR>the bottom of the output like:<BR><BR>Reading frame&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 time&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000<BR>Back Off! I just backed up ddQmCBhK to ./#ddQmCBhK.1#<BR>Reading frame&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20 time&nbsp;&nbsp; 40.000<BR><BR><BR><BR>Abu
 Naser<BR><BR>School Of Life Sciences<BR>Heriot-Watt University<BR>Edinburgh EH14 4AS<BR>Email: mn2@hw.ac.uk<BR>Phone: +44(0)1314518265<BR>Fax : +44(0) 131 451 3009<BR><BR><BR><BR><BR><BR><BR>-----Original Message-----<BR>From: gmx-users-bounces@gromacs.org on behalf of sangeeta kundu<BR>Sent: Mon 12/02/2007 9:55 AM<BR>To: Discussion list for GROMACS users<BR>Subject: RE: [gmx-users] problem still lies regarding dssp<BR><BR>Dear Abu and Mark,<BR>&nbsp;&nbsp;<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; You asked me, whether my computer is shared by many, it is not, I think the program was not hanged because while executing do_dssp -v as usual Gromacs output was given,<BR>&nbsp;&nbsp;<BR>&nbsp; ":-)&nbsp; G&nbsp; R&nbsp; O&nbsp; M&nbsp; A&nbsp; C&nbsp; S&nbsp; (-:<BR><BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; GROningen Mixture of Alchemy and Childrens'
 Stories<BR><BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; VERSION 3.3.1&nbsp; (-:<BR><BR><BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Copyright (c) 2001-2006, The GROMACS development team,<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; check out <A href="http://www.gromacs.org/">http://www.gromacs.org</A> for more information.<BR><BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; This program is free software; you can redistribute it and/or<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; modify it under the terms of the GNU General Public
 License<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; as published by the Free Software Foundation; either version 2<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; of the License, or (at your option) any later version.<BR><BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; do_dssp&nbsp; (-:<BR><BR>Option&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Filename&nbsp; Type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Description<BR>------------------------------------------------------------<BR>&nbsp; -f&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; traj.xtc&nbsp; Input&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Generic trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb<BR>&nbsp; -s&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; topol.tpr&nbsp; Input&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96
 pdb<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; xml<BR>&nbsp; -n&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; index.ndx&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Index file<BR>-ssdump&nbsp; ssdump.dat&nbsp; Output, Opt. Generic data file<BR>-map&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ss.map&nbsp; Input, Lib.&nbsp; File that maps matrix data to colors<BR>&nbsp; -o&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ss.xpm&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; X PixMap compatible matrix file<BR>&nbsp;-sc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; scount.xvg&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; xvgr/xmgr file<BR>&nbsp; -a&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; area.xpm&nbsp; Output, Opt. X PixMap compatible matrix file<BR>&nbsp;-ta&nbsp;&nbsp;&nbsp; totarea.xvg&nbsp; Output, Opt. xvgr/xmgr file<BR>&nbsp;-aa&nbsp;&nbsp; averarea.xvg&nbsp;
 Output, Opt. xvgr/xmgr file<BR><BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Option&nbsp;&nbsp; Type&nbsp; Value&nbsp; Description<BR>------------------------------------------------------<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]h&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Print help info and quit<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]X&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Use dialog box GUI to edit command line options<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -nice&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp; Set the nicelevel<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -b&nbsp;&nbsp; time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; First frame (ps) to read from trajectory<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -e&nbsp;&nbsp; time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; Last frame (ps) to read from trajectory<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -dt&nbsp;&nbsp; time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; Only use
 frame when t MOD dt = first time (ps)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -tu&nbsp;&nbsp; enum&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ps&nbsp; Time unit: ps, fs, ns, us, ms or s<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]w&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; View output xvg, xpm, eps and pdb files<BR>&nbsp;&nbsp; -[no]xvgr&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp; yes&nbsp; Add specific codes (legends etc.) in the output<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; xvg files for the xmgrace program<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -sss string&nbsp;&nbsp; HEBT&nbsp; Secondary structures for structure count<BR><BR>"<BR>&nbsp;&nbsp;<BR>&nbsp; I changed the permission of&nbsp;&nbsp; dsspcmbi and dsspcmbi.exe&nbsp; files , what else&nbsp; I should do? I mean execpt these two files what are the other files that need change of permission now
 these two files has read, write, and executable permission, Mark suggested&nbsp; me to call dssp "by hand", will you please explain in more detail?? In order to get taht particular coloured map what procedure should I&nbsp; adopt??<BR>&nbsp;&nbsp;<BR>&nbsp; regards<BR>&nbsp; SANGEETA&nbsp;&nbsp;<BR>"Naser, Md Abu " &lt;mn2@hw.ac.uk&gt; wrote:<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Hi Sangeeta,<BR><BR>Let me ask you few questions in order to solve the problem.<BR><BR>Are you sure your do_dssp prog were running or it was hanged?<BR>To make sure please try using verbose output using -v option.<BR><BR>Is your computer shared among too many people?<BR><BR>What is the file permission status of dssp?<BR><BR>To find out use: ls -l /directory/where/you/put/dssp<BR><BR>If you see any restricton to file permission change it to<BR><BR>chmod a+rx dssp<BR><BR>Hope this will help.<BR><BR><BR>Abu Naser<BR><BR>School Of Life Sciences<BR>Heriot-Watt University<BR>Edinburgh EH14 4AS<BR>Email:
 mn2@hw.ac.uk<BR>Phone: +44(0)1314518265<BR>Fax : +44(0) 131 451 3009<BR><BR><BR><BR><BR><BR><BR>-----Original Message-----<BR>From: gmx-users-bounces@gromacs.org on behalf of sangeeta kundu<BR>Sent: Fri 09/02/2007 10:13 AM<BR>To: gmx-users@gromacs.org<BR>Subject: [gmx-users] problem still lies regarding dssp<BR><BR>Dear All,<BR>&nbsp;<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I do not know whether I am interrupting you again and again by asking the same question, but I am helpless , I can not detect my fault, When I run the program DSSP it works fine, but while executing do_dssp or my_dssp (as suggested by Yang) the program seems to be never ending, intermediate files are prepared for some time, but I never got any .xpm files, I can not understand whether my system is not working, or I am making any mistake, but all the other programs of Gromacs like pdb2gmx, editconf , genbox, grompp, mdrun etc are going on successfully, problem lies only in
 case of dssp, I was suggested by Mark to try dssp independently on a single snapshot extracted from the trajectory,&nbsp; I took the snapshot of the protein after 500ps&nbsp; with the command trjconv -f md.xtc -s md.tpr -o time_500ps.pdb -dump 500<BR>&nbsp; (I think the command is correct, if not I earnestly request you to rectify my mistake), When I ran do_dssp on this single structure I waited for 3 days, but it did not finish and seems to be neverending, then I killed the program, In order to get that particular coloured plot of secondary structure vs time which method should I adopt? Seeking your help and thanks in advance.<BR>&nbsp;<BR>&nbsp; regards<BR>&nbsp; SANGEETA<BR>&nbsp;&nbsp;<BR><BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>---------------------------------<BR>&nbsp;Here's a new way to find what you're looking for -
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