<div><FONT face="comic sans ms"><STRONG>Dear All,</STRONG></FONT></div>  <div><FONT face="comic sans ms"><STRONG>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </STRONG></FONT></div>  <div><FONT face="comic sans ms"><STRONG>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I want to calculate the rdf of a particular residue with respect to water, I was able to generate the rdf of the entire protein against the bulk water,but I could not do the same&nbsp; for a particular residue, In the index.ndx file I have specified the groups of that particular residue, but how can I correlate it with the bulk water ?&nbsp;</STRONG></FONT></div>  <div><STRONG>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <FONT face="comic sans ms">I think I should generate an .ndx file&nbsp;with &nbsp;all the atoms I need as well as the solvent molecules, but I have some basic problem in understanding&nbsp;the&nbsp;preparation of .ndx file, when I am executing the commnad make_ndx and select system, index file is being
 prepared, but there I can not specify groups&nbsp;, everytime&nbsp; it is said that group is empty, I am doing some mistake , but can not detcet it, please help in this two matters.</FONT></STRONG></div>  <div><FONT face="Times New Roman" size=3></FONT>&nbsp;</div>  <div><FONT face="Times New Roman" size=3>regards</FONT></div>  <div><FONT face="Times New Roman" size=3>SANGEETA</FONT></div>  <div>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </div><BR><BR><p>&#32;
        

        
                <hr size=1></hr> 
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