Dear All<br> I am facing a problem in gromacs............after running MD in water for a&nbsp; a linear peptide <br> steps i did...<br>  1. created a box of dimensions 0.9nm , added water molecules<br>  2. did energy minimization<br>  3. Position rest MD for 20ns<br>  4. Production MD for 1ns<br> But it ends with segmentation fault.....while checking the log file it showed that box exploded........so i again started the run by decreasing the box dimensions to 0.85nm. systen is again showing segmentation fault but no information is specified in the log file. <br> Please guide.<br> <br> Thanks in advance<br> Priya<br> <p>&#32;
        

        
                <hr size=1></hr> 
Here’s a new way to find what you're looking for - <a href="http://us.rd.yahoo.com/mail/in/yanswers/*http://in.answers.yahoo.com/">Yahoo! Answers</a>