I have a polymer molecule (non-protein). <br>Therefore I could not use pdb2gmx and I tried to use PRODRG, but it could process only small molecule.<br>I was suggested to run PRODRG with small molecule and manually stich the top file.
<br><br>Therefore I used a small molecule and obtained the .gro and .top files.<br>Now, <br>I have no clue how to stich this .top file.<br>Shouldn&#39;t I also make a .gro file on my own to proceed further ?<br><br><br>Is there any other alternative (other than PRODRG) to make these two files
<br>or<br>Is there any software package/tool for file stitching?<br><br><br>Thanks,<br>Karthikeyan<br>