Hi David,<br><br>Thanks for your reply!<br><br>It is a pure ionic liquid system. I compared this energy result with that of another system, found that the term of&nbsp; &quot;Coul.-recip.&quot; is very smaller (-4664.24) than another system&#39;s&nbsp; result&nbsp; (-
56014.1). All other terms of the energy are in the same order of magnitute. <br><br>What does Coul.-recip mean?&nbsp; <br><br>PME is used for Coulomb interaction. Switch is used for LJ interaction.<br>
<br>1. abnormal result<br>
Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Average&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RMSD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Fluct.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Drift&nbsp; Tot-Drift<br>-------------------------------------------------------------------------------<br>Bond&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8121.16&nbsp;&nbsp;&nbsp; 129.568&nbsp;&nbsp;&nbsp; 129.564
 0.000320592&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.20592<br>Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16284.9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 174.598&nbsp;&nbsp;&nbsp; 174.578 -0.00090818&nbsp;&nbsp;&nbsp; -9.0818<br>Ryckaert-Bell.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4489.18&nbsp;&nbsp;&nbsp; 147.842&nbsp;&nbsp;&nbsp; 144.019 -0.0115717&nbsp;&nbsp; -115.717<br>LJ-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; 1169.97
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 34.0818&nbsp;&nbsp;&nbsp; 33.9909 -0.000861911&nbsp;&nbsp; -8.61912<br>Coulomb-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2666.03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 191.396&nbsp;&nbsp;&nbsp; 186.964 -0.0141849&nbsp;&nbsp; -141.849<br>LJ-(SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -32381.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 146.511&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 146.4 -0.0019765&nbsp;&nbsp;&nbsp; -19.765<br><span style="color: rgb(255, 0, 0);">
Disper.-corr.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2462.41</span>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.29279&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.28651&nbsp; 8.934e-05&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.8934<br>Coulomb-(SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -11046.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 213.609&nbsp;&nbsp;&nbsp; 210.484&nbsp; 0.0126112&nbsp;&nbsp;&nbsp; 126.112<br>Coul.-recip.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -4664.24&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 141.26&nbsp;&nbsp;&nbsp; 136.108
&nbsp; 0.0130948&nbsp;&nbsp;&nbsp; 130.948<br>Potential&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -17823.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 250.663&nbsp;&nbsp;&nbsp; 250.472 -0.00338716&nbsp;&nbsp; -33.8716<br>Kinetic-En.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 32678.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 188.545&nbsp;&nbsp;&nbsp; 188.545 -6.01562e-06 -0.0601562<br>Total-Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
14855.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 163.416&nbsp;&nbsp;&nbsp; 163.122 -0.00339318&nbsp;&nbsp; -33.9318<br>Temperature&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 299.965&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.73071&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.73071&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br><br><br>2.normal results<br>Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Average&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RMSD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Fluct.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Drift&nbsp; Tot-Drift
<br>-------------------------------------------------------------------------------<br>Bond&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3707.66&nbsp;&nbsp;&nbsp; 103.252&nbsp;&nbsp;&nbsp; 103.238 0.000572337&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.7156<br>Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10644.9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 157.095&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
157.095 4.14791e-06&nbsp; 0.0414228<br>Ryckaert-Bell.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3215.44&nbsp;&nbsp;&nbsp; 108.937&nbsp;&nbsp;&nbsp; 108.932 -0.000366312&nbsp;&nbsp; -3.65815<br>LJ-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1314.19&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29.5303&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29.5302 -3.01152e-05&nbsp; -0.300743<br>Coulomb-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -
14049.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17.4104&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17.4061 0.000134398&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.34216<br>LJ-(SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -11648.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 158.786&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 158.35 0.00408289&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40.7735<br>Disper.-corr.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1192.91&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.76608&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.73988 0.000153815&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.53606<br>
Coulomb-(SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -31913.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 149.436&nbsp;&nbsp;&nbsp; 148.956&nbsp; 0.0041528&nbsp;&nbsp;&nbsp; 41.4716<br><span style="color: rgb(255, 0, 0);">Coul.-recip.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -56014.1</span>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 36.3764&nbsp;&nbsp;&nbsp; 36.0691 0.00163665&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16.3442<br>Potential&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -
95936.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 248.465&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 246.67&nbsp; 0.0103406&nbsp;&nbsp;&nbsp; 103.266<br>Kinetic-En.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23457.6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 186.095&nbsp;&nbsp;&nbsp; 186.095 1.29671e-05&nbsp;&nbsp; 0.129495<br>Total-Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -72479.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 162.228&nbsp;&nbsp;&nbsp; 159.458&nbsp; 0.0103536&nbsp;&nbsp;&nbsp; 103.395<br>Temperature&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
399.928&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.17272&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.17272 2.21097e-07 0.00220797<br>

<br><br><br><br><div><span class="gmail_quote">2007/3/6, David van der Spoel &lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Qiao Baofu wrote:<br>&gt; Hi,<br>&gt;<br>&gt; I have a 10 ns job. But when using the g_energy to calculate the<br>&gt; component of the energy, I got a positive total-energy!!<br>&gt;<br>&gt; Who can give some suggestions?&nbsp;&nbsp;Thanks a lot!
<br>&gt;<br>what kind of system? do you happen to have an organic solvent?<br>in that case you should subtract the self energy per molecule<br><br>--<br>David.<br>________________________________________________________________________
<br>David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics group,<br>Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.<br>Husargatan 3, Box 596,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;75124 Uppsala, Sweden<br>phone:&nbsp;&nbsp;46 18 471 4205&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;fax: 46 18 511 755
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