hI<br><br>My -d parameter is 1.1 in editconf. Is that alright?<br><br>rakesh<br><br><div><span class="gmail_quote">On 3/13/07, <b class="gmail_sendername">Olivier Perin</b> &lt;<a href="mailto:operin@pasteur.fr">operin@pasteur.fr
</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Hi,<br><br>4ns becomes a long dynamic simulation. Sometimes during such a
<br>simulation, the system moves such a way that it &quot;seems&quot; to get out of<br>the water box.<br><br>In order to prevent this phenomen, you can use one parameter normally<br>used during a simulation in vaccum:<br>
<br>nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 500&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ;<br><br>You can add this line to your mdp file before the grompp step. This is<br>the frequency for center of mass motion removal.<br><br>About the 2.2nm: if it is the real size of your box, I agree with the
<br>answer of Mark, the box is probably to short. But if it&#39;s your &quot;-d&quot;<br>parameter for editconf, it is largely sufficient.<br><br>Good Luck<br><br>Olivier<br><br>Mark Abraham a écrit :<br>&gt; Rakesh Mishra wrote:
<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; When I run simulations on a 42 residue peptide with a box size of 2.2<br>&gt;&gt; nm , I find that after 4 ns , the peptide comes out of the box . Is<br>&gt;&gt; this a problem as far as the accuracy of the simulation results are
<br>&gt;&gt; concerned. Do the periodic conditions account for such cases? If not<br>&gt;&gt; , is there any suggestion as to how I may salvage my data without<br>&gt;&gt; having to start all&nbsp;&nbsp;over again .<br>&gt;<br>&gt; The peptide can&#39;t &quot;come out of the box&quot; - the system is periodic. The
<br>&gt; numbers in the trajectory file can be such that your visualization<br>&gt; software will render an image that looks like the peptide comes out of<br>&gt; the box, however. Look at the man page for trjconv and choose an
<br>&gt; option appropriate for your situation and use that on the trajectory<br>&gt; before visualizing.<br>&gt;<br>&gt; By the way, a 42 residue peptide is almost certainly too large for<br>&gt; such a box, even if it is a compact peptide. There are guaranteed to
<br>&gt; be many water molecules (or even all of them) that are having<br>&gt; non-bonded interactions with two images, which is unphysical.<br>&gt;<br>&gt; Mark<br>&gt; _______________________________________________<br>
&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>&gt; interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">
http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>&gt;<br>&gt; .<br>&gt;<br>--<br>------------------------------------<br>Olivier PERIN - Institut Pasteur<br>Unite de Bioinformatique Structurale<br>25-28, rue du Dr Roux 75724 Paris Cedex 15
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