Dear All,<br><br>I have performed a MD simulation of a helical peptide in a solvent box.<br><br>Now I am interested on determining the angle between the helix axis and the side chain of some residues (defined by the vector form Cb to the terminal heavy atom of each residue). <br><br>I am trying to do so using g_bundle... is this a good aproach? <br>My problem with g_bundle is that I can define the top and bottom of the helix axis, but how can I define the other axis for each residue?<br><br>Thanks!<br><br>Cheers<br><br>Afonso<br><p>&#32;__________________________________________________<br>Fale com seus amigos  de graça com o novo Yahoo! Messenger <br>http://br.messenger.yahoo.com/