
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

<head>

  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">

  <title></title>

</head>

<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">

Hello,<br>

<br>

I am trying to figure out what the difference between these two

applications is. The calculation is of the RMSD for a protein unfolding

trajectory and I get different results with g_rms and g_rmsdist. I have

looked at the manual and all I can find is that:<br>

<br>

"g_rmsdist computes the root mean square deviation of atom distances,

which has the advantage that no fit is needed like in standard RMS

deviation as computed by <a

 href="http://www.gromacs.org/documentation/reference/online/g_rms.html">g_rms</a>."<br>

<br>

What fit is this referring to and would this be the source of my

differences?<br>

<br>

I am getting larger RMSD values using g_rms. <br>

<br>

Thanks,<br>

Gleb<br>

<br>

<br>

</body>

</html>