<div>Dear Tsjerk,</div>  <div>&nbsp;&nbsp;&nbsp; My protein had -5.99 charge , so I added&nbsp;6 NA+ atoms, not a single one.</div>  <div>&nbsp;</div>  <div>regards</div>  <div>Sangeeta</div>  <div><BR><BR><B><I>Tsjerk Wassenaar &lt;tsjerkw@gmail.com&gt;</I></B> wrote:</div>  <BLOCKQUOTE class=replbq style="PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #1010ff 2px solid">Hi Sangeeta,<BR><BR>I think the problem is a lone sodium ion which is shaken vigorously<BR>round by its private heat bath, at some point getting too intimate<BR>with one of the water molecules around.<BR><BR>Never, never, NEVER give a handful of atoms, or a single atom, it's<BR>own heat bath! Put the sodium in with the solvent. Search the archives<BR>for tc-grps, temperature coupling, and such (and possibly my name), to<BR>get a fuller account. Besides that, you may be better off adding some<BR>additional sodium chloride... One sodium may balance the net charge,<BR>but it will not balance a charged
 protein.<BR><BR>Cheers,<BR><BR>Tsjerk<BR><BR><BR>On 3/15/07, sangeeta kundu <SANGEETA0983@YAHOO.CO.IN>wrote:<BR>&gt; Dear All,<BR>&gt;<BR>&gt; Thanks a lot to Mark,Tsjerk and Erik your promt reply.<BR>&gt; It is a globular protein containing approximately 70<BR>&gt; residues having crysal structure, without any<BR>&gt; ligand,the simulation continued for 1.5 ns, &amp; then<BR>&gt; gave the segmentation fault, My .mdp file is given<BR>&gt; below, I used SPC216 water and steepest descent for<BR>&gt; minimisation, the emtol was 1000,it converged to that<BR>&gt; within 800 steps.I used position restrained dynamics<BR>&gt; for 50ps.The protein had -ve charge, so I added NA+<BR>&gt; as counter ion.I used the same parameter<BR>&gt; for carrying out the simualtion of the same protein at<BR>&gt; 3/4 other tempeartures,the runs were completed without<BR>&gt; giving any error.Waiting for your promt help.<BR>&gt;<BR>&gt; title = Yo<BR>&gt; cpp = /usr/bin/cpp<BR>&gt; constraints =
 all-bonds<BR>&gt; integrator = md<BR>&gt; dt = 0.002 ; ps !<BR>&gt; nsteps = 5000000 ; total 10 ns<BR>&gt; nstcomm = 1<BR>&gt; nstxout = 250<BR>&gt; nstvout = 1000<BR>&gt; nstfout = 0<BR>&gt; nstlog = 100<BR>&gt; nstenergy = 100<BR>&gt; nstlist = 10<BR>&gt; ns_type = grid<BR>&gt; rlist = 1.0<BR>&gt; rcoulomb = 1.0<BR>&gt; rvdw = 1.0<BR>&gt; ; Berendsen temperature coupling is on in two groups<BR>&gt; Tcoupl = berendsen<BR>&gt; tc-grps = Protein SOL NA+<BR>&gt; tau_t = 0.1 0.1 0.1<BR>&gt; ref_t = 523 523 523<BR>&gt; ; Energy monitoring<BR>&gt; energygrps = Protein SOL<BR>&gt; ; Isotropic pressure coupling is now on<BR>&gt; Pcoupl = berendsen<BR>&gt; Pcoupltype = isotropic<BR>&gt; tau_p = 0.5<BR>&gt; compressibility = 4.5e-5<BR>&gt; ref_p = 1.0<BR>&gt; ; Generate velocites is off at 300 K.<BR>&gt; gen_vel = no<BR>&gt; gen_temp = 523.0<BR>&gt; gen_seed = 173529<BR>&gt;<BR>&gt;<BR>&gt;<BR>&gt; regards<BR>&gt; Sangeeta<BR>&gt; --- Tsjerk Wassenaar
 <TSJERKW@GMAIL.COM>wrote:<BR>&gt;<BR>&gt; &gt; Hi Sangeeta,<BR>&gt; &gt;<BR>&gt; &gt; It would be helpful to us if you gave more<BR>&gt; &gt; information than "I tried<BR>&gt; &gt; to run a simulation and it crashed". What kind of<BR>&gt; &gt; protein, any<BR>&gt; &gt; ligands/non-standard groups. Did you perform energy<BR>&gt; &gt; minimization, etc,<BR>&gt; &gt; etc, etc... What's in the .mdp file?<BR>&gt; &gt;<BR>&gt; &gt; Tsjerk<BR>&gt; &gt;<BR>&gt; &gt; On 3/15/07, Erik Marklund <ERIKM@XRAY.BMC.UU.SE><BR>&gt; &gt; wrote:<BR>&gt; &gt; &gt;<BR>&gt; &gt; &gt;<BR>&gt; &gt; &gt; 15 mar 2007 kl. 08.29 skrev sangeeta kundu:<BR>&gt; &gt; &gt;<BR>&gt; &gt; &gt; Dear all,<BR>&gt; &gt; &gt; I gave a simulation run of a protein using<BR>&gt; &gt; G43a1force field at 523K<BR>&gt; &gt; &gt; using Berendson's Temperature coupling for 10<BR>&gt; &gt; ns, But three times it<BR>&gt; &gt; &gt; failed with the messege "segmentation fault" ,<BR>&gt; &gt; without giving any other<BR>&gt;
 &gt; &gt; error messege. Previously I ran the simualtion of<BR>&gt; &gt; the same protein at lower<BR>&gt; &gt; &gt; temperature, (upto 473K) , and in all cases it ran<BR>&gt; &gt; successfully, but when I<BR>&gt; &gt; &gt; used the temperature of 523 K it failed, I can not<BR>&gt; &gt; debug, please help.<BR>&gt; &gt; &gt;<BR>&gt; &gt; &gt;<BR>&gt; &gt; &gt; I'm no expert, but I think a shorter timestep<BR>&gt; &gt; could be required for the<BR>&gt; &gt; &gt; integrator to be stable when using such high<BR>&gt; &gt; temperatures, since the atoms<BR>&gt; &gt; &gt; will move around quite fast.<BR>&gt; &gt; &gt;<BR>&gt; &gt; &gt;<BR>&gt; &gt; &gt;<BR>&gt; &gt; &gt; I have another question, Is there any way of<BR>&gt; &gt; analysing hydrogen bonds<BR>&gt; &gt; &gt; on a residue basis? I mean to say how can I get<BR>&gt; &gt; the distribution of HBond<BR>&gt; &gt; &gt; over residue number, I looked at g_hbond , but I<BR>&gt; &gt; could not get it.<BR>&gt; &gt; &gt;<BR>&gt;
 &gt; &gt;<BR>&gt; &gt; &gt; It requires some postprocessing of the data, but<BR>&gt; &gt; the hbn- and hbm-output of<BR>&gt; &gt; &gt; g_hbond together contains what you need to know<BR>&gt; &gt; about the hydrogen bonds on<BR>&gt; &gt; &gt; an atom index basis. Now, you can easily go from<BR>&gt; &gt; the level of atoms to the<BR>&gt; &gt; &gt; level of residues.<BR>&gt; &gt; &gt;<BR>&gt; &gt; &gt;<BR>&gt; &gt; &gt;<BR>&gt; &gt; &gt; regards<BR>&gt; &gt; &gt; Sangeeta<BR>&gt; &gt; &gt;<BR>&gt; &gt; &gt; ________________________________<BR>&gt; &gt; &gt; Here's a new way to find what you're looking for<BR>&gt; &gt; - Yahoo! Answers<BR>&gt; &gt; &gt; _______________________________________________<BR>&gt; &gt; &gt; gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<BR>&gt; &gt; &gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>&gt; &gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the<BR>&gt; &gt; list. Use the<BR>&gt; &gt; &gt; www interface or send it to<BR>&gt;
 &gt; gmx-users-request@gromacs.org.<BR>&gt; &gt; &gt; Can't post? Read<BR>&gt; &gt; &gt; http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<BR>&gt; &gt; &gt;<BR>&gt; &gt; &gt; _______________________________________________<BR>&gt; &gt; &gt; Erik Marklund, PhD student<BR>&gt; &gt; &gt; Laboratory of Molecular Biophysics,<BR>&gt; &gt; &gt; Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala<BR>&gt; &gt; University.<BR>&gt; &gt; &gt; Husargatan 3, Box 596, 75124 Uppsala, Sweden<BR>&gt; &gt; &gt; phone: +46 18 471 4537 fax: +46 18 511 755<BR>&gt; &gt; &gt; erikm@xray.bmc.uu.se<BR>&gt; &gt; http://xray.bmc.uu.se/molbiophys<BR>&gt; &gt; &gt;<BR>&gt; &gt; &gt;<BR>&gt; &gt; &gt; _______________________________________________<BR>&gt; &gt; &gt; gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<BR>&gt; &gt; &gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>&gt; &gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the<BR>&gt; &gt; list. Use the<BR>&gt; &gt; &gt; www interface or send it
 to<BR>&gt; &gt; gmx-users-request@gromacs.org.<BR>&gt; &gt; &gt; Can't post? Read<BR>&gt; &gt; &gt; http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<BR>&gt; &gt; &gt;<BR>&gt; &gt;<BR>&gt; &gt;<BR>&gt; &gt; --<BR>&gt; &gt; Tsjerk A. Wassenaar, Ph.D.<BR>&gt; &gt; Junior UD (post-doc)<BR>&gt; &gt; Biomolecular NMR, Bijvoet Center<BR>&gt; &gt; Utrecht University<BR>&gt; &gt; Padualaan 8<BR>&gt; &gt; 3584 CH Utrecht<BR>&gt; &gt; The Netherlands<BR>&gt; &gt; P: +31-30-2539931<BR>&gt; &gt; F: +31-30-2537623<BR>&gt; &gt; _______________________________________________<BR>&gt; &gt; gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<BR>&gt; &gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>&gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the<BR>&gt; &gt; list. Use the<BR>&gt; &gt; www interface or send it to<BR>&gt; &gt; gmx-users-request@gromacs.org.<BR>&gt; &gt; Can't post? Read<BR>&gt; &gt; http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<BR>&gt;
 &gt;<BR>&gt;<BR>&gt;<BR>&gt;<BR>&gt;<BR>&gt; __________________________________________________________<BR>&gt; Yahoo! India Answers: Share what you know. Learn something new<BR>&gt; http://in.answers.yahoo.com/<BR>&gt; _______________________________________________<BR>&gt; gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<BR>&gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<BR>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<BR>&gt;<BR><BR><BR>-- <BR>Tsjerk A. Wassenaar, Ph.D.<BR>Junior UD (post-doc)<BR>Biomolecular NMR, Bijvoet Center<BR>Utrecht University<BR>Padualaan 8<BR>3584 CH Utrecht<BR>The Netherlands<BR>P: +31-30-2539931<BR>F: +31-30-2537623<BR>_______________________________________________<BR>gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<BR>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>Please don't
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