Dear All..<br> i want to add octanol as solvent...bt everytime i give genbox command it says 0 solvent molecules added.<br> I got the octanol equilibrated box from gromacs contributors section. it was of ffooplsa type...when i changed the atom types and topology through prodrg...the same problem persists.<br> <br> bash-3.00# /usr/local/gromacs/bin/genbox -cp kif1g_md_box_oct.gro -cs octanol512.gro -o kif1g_md_oct.gro -p kif1g.top<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; G&nbsp; R&nbsp; O&nbsp; M&nbsp; A&nbsp; C&nbsp; S&nbsp; (-:<br> <br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Gnomes, ROck Monsters And Chili Sauce<br> <br>
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; VERSION 3.3.1&nbsp; (-:<br> <br> <br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Copyright (c) 2001-2006, The GROMACS development team,<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; check out http://www.gromacs.org for more information.<br> <br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; This program is free software; you can redistribute it and/or<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; modify it under the terms of the GNU General Public License<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; as published by
 the Free Software Foundation; either version 2<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; of the License, or (at your option) any later version.<br> <br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; /usr/local/gromacs/bin/genbox&nbsp; (-:<br> <br> Option&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Filename&nbsp; Type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Description<br> ------------------------------------------------------------<br> &nbsp;-cp kif1g_md_box_oct.gro&nbsp; Input, Opt!&nbsp; Generic structure: gro g96 pdb tpr<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; tpb tpa xml<br> &nbsp;-cs octanol512.gro&nbsp; Input, Opt!, Lib. Generic structure: gro g96 pdb tpr tpb<br>
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; tpa xml<br> &nbsp;-ci&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; insert.gro&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Generic structure: gro g96 pdb tpr tpb tpa<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; xml<br> &nbsp; -o kif1g_md_oct.gro&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Generic structure: gro g96 pdb xml<br> &nbsp; -p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; kif1g.top&nbsp; In/Out, Opt! Topology file<br> <br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Option&nbsp;&nbsp; Type&nbsp; Value&nbsp; Description<br> ------------------------------------------------------<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]h&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 no&nbsp; Print help info and quit<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]X&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Use dialog box GUI to edit command line options<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -nice&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp; Set the nicelevel<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -box vector&nbsp; 0 0 0&nbsp; box size<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -nmol&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; no of extra molecules to insert<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -try&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp; try inserting -nmol*-try times<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -seed&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp; 1997&nbsp; random generator seed<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -vdwd&nbsp;&nbsp; real&nbsp; 0.105&nbsp; default vdwaals distance<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -shell&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; thickness of
 optional water layer around solute<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -maxsol&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; maximum number of solvent molecules to add if<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; they fit in the box. If zero (default) this is<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ignored<br> <br> WARNING: masses will be determined based on residue and atom names,<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; this can deviate from the real mass of the atom type<br> In case you use free energy of solvation predictions:<br> <br> ++++ PLEASE READ AND CITE THE FOLLOWING REFERENCE ++++<br> D. Eisenberg and A. D. McLachlan<br> Solvation energy in protein folding and binding<br> Nature 319 (1986) pp.
 199-203<br> -------- -------- --- Thank You --- -------- --------<br> <br> Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/aminoacids.dat<br> Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/atommass.dat<br> Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/vdwradii.dat<br> Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/dgsolv.dat<br> #Entries in atommass.dat: 82 vdwradii.dat: 26 dgsolv.dat: 7<br> Reading solute configuration<br> DRG<br> Containing 68 atoms in 1 residues<br> Initialising van der waals distances...<br> Reading solvent configuration<br> "OcOH Pure Solvent"<br> solvent configuration contains 13824 atoms in 512 residues<br> <br> Initialising van der waals distances...<br> Will generate new solvent configuration of 1x1x1 boxes<br> Generating configuration<br> Sorting configuration<br> Found 1 molecule type:<br> &nbsp;&nbsp; OcOH (&nbsp; 27 atoms):&nbsp;&nbsp; 512 residues<br> Calculating Overlap...<br> box_margin = 0.45<br>
 Removed 7155 atoms that were outside the box<br> Neighborsearching with a cut-off of 0.45<br> Table routines are used for coulomb: FALSE<br> Table routines are used for vdw:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; FALSE<br> Cut-off's:&nbsp;&nbsp; NS: 0.45&nbsp;&nbsp; Coulomb: 0.45&nbsp;&nbsp; LJ: 0.45<br> System total charge: 0.000<br> Grid: 17 x 17 x 17 cells<br> Succesfully made neighbourlist<br> nri = 23737, nrj = 792271<br> Checking Protein-Solvent overlap: tested 941 pairs, removed 378 atoms.<br> Checking Solvent-Solvent overlap: tested 32848 pairs, removed 2187 atoms.<br> Added 152 molecules<br> Generated solvent containing 4104 atoms in 152 residues<br> Writing generated configuration to kif1g_md_oct.gro<br> <br> Back Off! I just backed up kif1g_md_oct.gro to ./#kif1g_md_oct.gro.2#<br> DRG<br> <br> Output configuration contains 4172 atoms in 153 residues<br> Volume&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 :&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 58.7777 (nm^3)<br> Density&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 541.15 (g/l)<br> <span style="font-weight: bold; text-decoration: underline;">Number of SOL molecules:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0</span><br> <br> Please guide...wheres the problem....<br> <br> Regards<br> nur<br> <p>&#32;
        

        
                <hr size=1></hr> 
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