<div>Dear all,</div>  <div>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I gave&nbsp;a simulation run of a protein using G43a1force field at&nbsp;523K using Berendson's &nbsp;Temperature &nbsp;coupling for 10 ns, But three times it failed&nbsp;with the messege "segmentation fault" , without giving any other error messege.&nbsp;Previously I ran the simualtion of the same protein at lower temperature, (upto 473K) , and in all cases it ran successfully, but when I used the temperature of 523 K it failed, I can not debug, please help.</div>  <div>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </div>  <div>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I have another question, Is there any way of analysing hydrogen bonds&nbsp;on a residue basis? I mean to say how can&nbsp; I get the distribution of HBond over residue number, I &nbsp;looked at g_hbond , but I could not get it.</div>  <div>&nbsp;</div>  <div>&nbsp;</div>  <div>regards</div>  <div>Sangeeta</div><p>&#32;
        

        
                <hr size=1></hr> 
Here’s a new way to find what you're looking for - <a href="http://us.rd.yahoo.com/mail/in/yanswers/*http://in.answers.yahoo.com/">Yahoo! Answers</a>