
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">

<HTML><HEAD>

<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-1">

<META content="MSHTML 6.00.2900.3059" name=GENERATOR>

<STYLE></STYLE>

</HEAD>

<BODY bgColor=#ffffff>

<DIV><FONT face=Arial size=2>Dear all:</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>I'm new in GROMACS and I encountered the following 

problem when I want running the demo. I don't have much knowledge of UNIX, could 

someone tell me how to solve this problem?</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>I shall greatly appreciate any help!</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>T.Luo</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial 

size=2>-------------------------------------------------------------------------------------&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; G&nbsp; 

R&nbsp; O&nbsp; M&nbsp; A&nbsp; C&nbsp; S&nbsp; (-:</FONT></DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial 

size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Groningen Machine for Chemical Simulation</FONT></DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial 

size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

:-)&nbsp; VERSION 3.3.1&nbsp; (-:</FONT></DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV><FONT face=Arial size=2>

<DIV><BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Written by David van der Spoel, Erik 

Lindahl, Berk Hess, and others.<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The 

Netherlands.<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Copyright (c) 2001-2006, The GROMACS development 

team,<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

check out <A href="http://www.gromacs.org">http://www.gromacs.org</A> for more 

information.</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; This program is free 

software; you can redistribute it 

and/or<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; modify it under 

the terms of the GNU General Public 

License<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; as published by the 

Free Software Foundation; either version 

2<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; of 

the License, or (at your option) any later version.</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

:-)&nbsp; ./ngmx&nbsp; (-:</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>Option&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Filename&nbsp; 

Type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Description<BR>------------------------------------------------------------<BR>&nbsp; 

-f&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; traj.xtc&nbsp; 

Input&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Generic trajectory: xtc trr trj 

gro g96 pdb<BR>&nbsp; -s&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; topol.tpr&nbsp; 

Input&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Generic run input: tpr tpb tpa 

xml<BR>&nbsp; -n&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; index.ndx&nbsp; Input, Opt.&nbsp; 

Index file</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Option&nbsp;&nbsp; Type&nbsp; Value&nbsp; 

Description<BR>------------------------------------------------------<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

-[no]h&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Print help info and 

quit<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -nice&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; Set the 

nicelevel<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

-b&nbsp;&nbsp; time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; First frame (ps) to 

read from trajectory<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

-e&nbsp;&nbsp; time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; Last frame (ps) to 

read from trajectory<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

-dt&nbsp;&nbsp; time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; Only use frame when t 

MOD dt = first time (ps)</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>Can't connect to X Server.<BR>Check your DISPLAY environment 

variable<BR></FONT></DIV></BODY></HTML>