<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=gb2312">
<META content="MSHTML 6.00.2900.3059" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT size=2>Hi,everyone,I put forward the question yesterday.</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2>When I run the simulation, the system always echo</FONT></DIV>
<DIV>"Fatal error: number of coordinates in coordinate file (conf.gro, 12032) 
does not match topology (topol.top, 0)".</DIV>
<DIV>Mr Abraham has pointed out maybe there is something wrong with the 
topol.top file.</DIV>
<DIV>Now I put the topol.top here:</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV><PRE>;
;        Topology file for Coarse Grained DPPC + Water
;
#include "CG.itp"

[ system ]
Coase Grained DPPC in Water

[ molecules ]
;molecule name   nr.
DPPC             512
WATER           5888
</PRE><PRE><PRE>;
;        CG.itp: force field file for 
;        Coarse Grained DPPC and Water
;

[ defaults ]
1       1

[ atomtypes ]
;   type      mass    charge    ptype       c6            c12

; polar type
P          72.0       0.000      A         0.0            0.0

; non polar
Na         72.0       0.000      A         0.0            0.0

; apolar
C          72.0       0.000      A         0.0            0.0

; charged
Q0         72.0       0.000      A         0.0            0.0
Qa         72.0       0.000      A         0.0            0.0

[ nonbond_params ]
; i          j        fund       c6       c12
  P          P         1      0.21558E-00    0.23238E-02
  Na         Na        1      0.18108E-00    0.19520E-02
  C          C         1      0.14660E-00    0.15802E-02
  Q0         Q0        1      0.14660E-00    0.15802E-02
  Qa         Qa        1      0.14660E-00    0.15802E-02
  P          Na        1      0.14660E-00    0.15802E-02
  P          C         1      0.77610E-01    0.83658E-03
  P          Q0        1      0.21558E-00    0.23238E-02
  P          Qa        1      0.21558E-00    0.23238E-02
  Na         C         1      0.11210E-00    0.12084E-02
  Na         Q0        1      0.14660E-00    0.15802E-02
  Na         Qa        1      0.14660E-00    0.15802E-02
  C          Q0        1      0.77610E-01    0.83658E-03
  C          Qa        1      0.77610E-01    0.83658E-03
  Q0         Qa        1      0.14660E-00    0.15802E-02


;; Coarse Grained Water Molecule

[ moleculetype ]
; name  nrexcl
WATER      2

[ atoms ]
;   nr    type   resnr   residu   atom    cgnr    charge   mass
    1        P       1    WATER      W       1        0    72.000

;; Coarse Grained DPPC Molecule

[ moleculetype ]
; name  nrexxl
DPPC         1

[ atoms ]
;   nr    type   resnr   residu   atom    cgnr    charge   mass
    1       Q0       1     DPPC    NC3      1        1.0   72.000
    2       Qa       1     DPPC    PO4      2       -1.0   72.000
    3       Na       1     DPPC    GL1      3        0     72.000
    4       Na       1     DPPC    GL2      4        0     72.000
    5       C        1     DPPC    C1A      5        0     72.000
    6       C        1     DPPC    C2A      6        0     72.000
    7       C        1     DPPC    C3A      7        0     72.000
    8       C        1     DPPC    C4A      8        0     72.000
    9       C        1     DPPC    C1B      9        0     72.000
   10       C        1     DPPC    C2B     10        0     72.000
   11       C        1     DPPC    C3B     11        0     72.000
   12       C        1     DPPC    C4B     12        0     72.000

[ bonds ]
;  ai    aj funct        length       force.c
    1     2     1         0.470        1250
    2     3     1         0.470        1250
    3     4     1         0.470        1250
    3     5     1         0.470        1250
    5     6     1         0.470        1250
    6     7     1         0.470        1250
    7     8     1         0.470        1250
    4     9     1         0.470        1250
    9    10     1         0.470        1250
   10    11     1         0.470        1250
   11    12     1         0.470        1250

[ angles ]
;   i     j     k       funct   angle      force.c
    2     3     4         2     120.000     25.0
    2     3     5         2     180.000     25.0
    3     5     6         2     180.000     25.0
    5     6     7         2     180.000     25.0
    6     7     8         2     180.000     25.0
    4     9    10         2     180.000     25.0
    9    10    11         2     180.000     25.0
   10    11    12         2     180.000     25.0
<PRE>Since the conf.gro file is rather large,so I will </PRE><PRE>not paste it here, and the conf.gro seems to be right.</PRE><PRE>What bothers me most is why my computer can't recognize</PRE><PRE>atom coordinates in the topol.top.Can anyone help</PRE><PRE>me out?</PRE><PRE>By the way my linux is Fedora Core5,and the Gromacs</PRE><PRE>edition is 3.3.1.</PRE></PRE></PRE></DIV></BODY></HTML>