<div>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Hi Tsjerk,</div>  <div>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Do you know how can I add parameters for sulfite bound?You are right I have little experience in this field but maybe one of my friends can do this.I would be very grateful if you can explain &nbsp;parameterization briefly.</div>  <div>&nbsp;</div>  <div>And I dont think there is a problem with the&nbsp;mail server?Why did you ask?<BR><BR>Thank you very much!!!</div>  <div>Sincerly</div>  <div>Fulya<BR></div>  <BLOCKQUOTE class=replbq style="PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #1010ff 2px solid">  <div>  <HR SIZE=1>  From: "Tsjerk Wassenaar" &lt;tsjerkw@gmail.com&gt;<BR>To: "Discussion list for GROMACS users" &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<BR>Subject: Re: [gmx-users] Fwd: How can I do the simulation of a protein with<BR>Tyr (SO3H)<BR><BR>Hi Fulya,<BR><BR>You can't just simulate everything you set your mind on. There are no<BR>parameters for sulfite bound tyrosine in the database (just what
 it<BR>says). You have to add them yourself, which I don't recommend at this<BR>point, since it is clear you have but little experience in this field<BR>(and parameterization is an advanced topic).<BR><BR>By the way, do you have some problems with the mail server?<BR><BR>Best,<BR><BR>Tsjerk<BR><BR>On 3/27/07, fulya caglar <FULYACAGLAR@YAHOO.COM>wrote:<BR>&gt;<BR>&gt;<BR>&gt; Note: forwarded message attached.<BR>&gt;<BR>&gt; ________________________________<BR>&gt; Bored stiff? Loosen up...<BR>&gt; Download and play hundreds of games for free on Yahoo! Games.<BR>&gt;<BR>&gt; ---------- Forwarded message ----------<BR>&gt; From: fulya caglar <FULYACAGLAR@YAHOO.COM><BR>&gt; To: Gromacs <GMX-USERS-REQUEST@GROMACS.ORG><BR>&gt; Date: Tue, 27 Mar 2007 04:45:43 -0700 (PDT)<BR>&gt; Subject: How can I do the simulation of a protein with Tyr (SO3H)<BR>&gt;<BR>&gt; Hi!<BR>&gt; I'm trying to do a simulation of a protein with bound sulfite ion (Tyr<BR>&gt; (SO3H)).After the first command
 ( pdb2gmx) I am getting the following error<BR>&gt; message :<BR>&gt; -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<BR>&gt; Fatal error:<BR>&gt; Residue 'SUL' not found in residue topology database<BR>&gt; -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<BR>&gt;<BR>&gt; I would be very glad to know why I get this type of error and what can I do<BR>&gt; about this. With thanks<BR>&gt; Sincerely Fulya<BR>&gt;<BR>&gt;<BR>&gt; ________________________________<BR>&gt; TV dinner still cooling?<BR>&gt; Check out "Tonight's Picks" on Yahoo! TV.<BR>&gt;<BR>&gt;<BR>&gt; _______________________________________________<BR>&gt; gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<BR>&gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before
 posting!<BR>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<BR>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>&gt; Can't post? Read<BR>&gt; http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<BR>&gt;<BR><BR><BR>-- <BR>Tsjerk A. Wassenaar, Ph.D.<BR>Junior UD (post-doc)<BR>Biomolecular NMR, Bijvoet Center<BR>Utrecht University<BR>Padualaan 8<BR>3584 CH Utrecht<BR>The Netherlands<BR>P: +31-30-2539931<BR>F: +31-30-2537623<BR>_______________________________________________<BR>gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<BR>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<BR>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <BR>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<BR></BLOCKQUOTE><BR><p>&#32;

<hr size=1>Don't be flakey. <a href="http://us.rd.yahoo.com/evt=43909/*http://mobile.yahoo.com/mail">Get Yahoo! Mail for Mobile</a> and <br><a href="http://us.rd.yahoo.com/evt=43909/*http://mobile.yahoo.com/mail">always stay connected</a> to friends.