<div>After making Md simulation and getting the rmsd,gyration.. analyzing graphics I looked at the VMD.Then I saw&nbsp; that the 2 chains are getting splitting at a time.And then got together.So I could understand why the graphics are so bad.Then I read the manual.It says I should use -merge in pdb2gmx line if you have disulphite bridges.My molecule has 2 chains that has disulfite bonds..Anything else that you know about this except -merge?</div>  <div>&nbsp;</div>  <div>Thank you</div>  <div>özge</div><p>&#32;

<hr size=1>Don't pick lemons.<br>
See all the <a href="http://autos.yahoo.com/new_cars.html;_ylc=X3oDMTE0OGRsc3F2BF9TAzk3MTA3MDc2BHNlYwNtYWlsdGFncwRzbGsDbmV3Y2Fycw--">new 2007 cars</a> at <a href="http://autos.yahoo.com/new_cars.html;_ylc=X3oDMTE0OGRsc3F2BF9TAzk3MTA3MDc2BHNlYwNtYWlsdGFncwRzbGsDbmV3Y2Fycw--">Yahoo! Autos.</a>