<div>Hi Andrea,</div> <div> </div> <div>This is my .top file</div> <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">more 1ppbfree.top<?xml:namespace prefix = o ns = "urn:schemas-microsoft-com:office:office" /><o:p></o:p></FONT></FONT></div> <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">;<o:p></o:p></FONT></FONT></div> <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">;<SPAN style="mso-spacerun: yes"> </SPAN>File '1ppbfree.top' was generated<o:p></o:p></FONT></FONT></div> <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">;<SPAN style="mso-spacerun: yes"> </SPAN>By user: ozge (502)<o:p></o:p></FONT></FONT></div> <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">;<SPAN
style="mso-spacerun: yes"> </SPAN>On host: druggrid<o:p></o:p></FONT></FONT></div> <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">;<SPAN style="mso-spacerun: yes"> </SPAN>At date: Thu Mar 15 23:17:25 2007<o:p></o:p></FONT></FONT></div> <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">;<o:p></o:p></FONT></FONT></div> <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">;<SPAN style="mso-spacerun: yes"> </SPAN>This is your topology file<o:p></o:p></FONT></FONT></div> <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">;<SPAN style="mso-spacerun: yes"> </SPAN>ALPHA-THROMBIN (E.C.3.4.21.5) COMPLEX W<o:p></o:p></FONT></FONT></div> <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm
0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">;<o:p></o:p></FONT></FONT></div> <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">; Include forcefield parameters<o:p></o:p></FONT></FONT></div> <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">#include "ffG43a1.itp"<o:p></o:p></FONT></FONT></div> <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><o:p><FONT face="Times New Roman" size=3> </FONT></o:p></div> <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">; Include chain topologies<o:p></o:p></FONT></FONT></div> <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">#include "1ppbfree_H.itp"<o:p></o:p></FONT></FONT></div> <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">#include "1ppbfree_L.itp"<o:p></o:p></FONT></FONT></div> <div class=MsoNormal style="MARGIN:
0cm 0cm 0pt"><o:p><FONT face="Times New Roman" size=3> </FONT></o:p></div> <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">; Include water topology<o:p></o:p></FONT></FONT></div> <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">#include "spc.itp"<o:p></o:p></FONT></FONT></div> <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><o:p><FONT face="Times New Roman" size=3> </FONT></o:p></div> <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">#ifdef POSRES_WATER<o:p></o:p></FONT></FONT></div> <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">; Position restraint for each water oxygen<o:p></o:p></FONT></FONT></div> <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">[ position_restraints ]<o:p></o:p></FONT></FONT></div> <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm
0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">;<SPAN style="mso-spacerun: yes"> </SPAN>i funct<SPAN style="mso-spacerun: yes"> </SPAN>fcx<SPAN style="mso-spacerun: yes"> </SPAN>fcy<SPAN style="mso-spacerun: yes"> </SPAN>fcz<o:p></o:p></FONT></FONT></div> <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman"><SPAN style="mso-spacerun: yes"> </SPAN>1<SPAN style="mso-spacerun: yes"> </SPAN>1<SPAN style="mso-spacerun: yes"> </SPAN>1000<SPAN style="mso-spacerun: yes"> </SPAN>1000<SPAN style="mso-spacerun: yes"> </SPAN>1000<o:p></o:p></FONT></FONT></div> <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">#endif<o:p></o:p></FONT></FONT></div>
<div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><o:p><FONT face="Times New Roman" size=3> </FONT></o:p></div> <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">; Include generic topology for ions<o:p></o:p></FONT></FONT></div> <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">#include "ions.itp"<o:p></o:p></FONT></FONT></div> <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><o:p><FONT face="Times New Roman" size=3> </FONT></o:p></div> <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">[ system ]<o:p></o:p></FONT></FONT></div> <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">; Name<o:p></o:p></FONT></FONT></div> <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">ALPHA-THROMBIN (E.C.3.4.21.5) COMPLEX W in water<o:p></o:p></FONT></FONT></div> <div
class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><o:p><FONT face="Times New Roman" size=3> </FONT></o:p></div> <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">[ molecules ]<o:p></o:p></FONT></FONT></div> <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">; Compound<SPAN style="mso-spacerun: yes"> </SPAN>#mols<o:p></o:p></FONT></FONT></div> <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">Protein_H<SPAN style="mso-spacerun: yes"> </SPAN>1<o:p></o:p></FONT></FONT></div> <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">Protein_L<SPAN style="mso-spacerun: yes"> </SPAN>1<o:p></o:p></FONT></FONT></div> <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm
0pt"><FONT face="Times New Roman" size=3>SOL<SPAN style="mso-spacerun: yes"> </SPAN>8695</FONT></div> <div> </div> <div> </div> <div>Thank you very much again and again...</div><p> 
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