<div>Hi Andrea,</div>  <div>&nbsp;</div>  <div>This is my .top file</div>  <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">more 1ppbfree.top<?xml:namespace prefix = o ns = "urn:schemas-microsoft-com:office:office" /><o:p></o:p></FONT></FONT></div>  <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">;<o:p></o:p></FONT></FONT></div>  <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">;<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>File '1ppbfree.top' was generated<o:p></o:p></FONT></FONT></div>  <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">;<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>By user: ozge (502)<o:p></o:p></FONT></FONT></div>  <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">;<SPAN
 style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>On host: druggrid<o:p></o:p></FONT></FONT></div>  <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">;<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>At date: Thu Mar 15 23:17:25 2007<o:p></o:p></FONT></FONT></div>  <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">;<o:p></o:p></FONT></FONT></div>  <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">;<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>This is your topology file<o:p></o:p></FONT></FONT></div>  <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">;<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>ALPHA-THROMBIN (E.C.3.4.21.5) COMPLEX W<o:p></o:p></FONT></FONT></div>  <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm
 0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">;<o:p></o:p></FONT></FONT></div>  <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">; Include forcefield parameters<o:p></o:p></FONT></FONT></div>  <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">#include "ffG43a1.itp"<o:p></o:p></FONT></FONT></div>  <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><o:p><FONT face="Times New Roman" size=3>&nbsp;</FONT></o:p></div>  <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">; Include chain topologies<o:p></o:p></FONT></FONT></div>  <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">#include "1ppbfree_H.itp"<o:p></o:p></FONT></FONT></div>  <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">#include "1ppbfree_L.itp"<o:p></o:p></FONT></FONT></div>  <div class=MsoNormal style="MARGIN:
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  <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><o:p><FONT face="Times New Roman" size=3>&nbsp;</FONT></o:p></div>  <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">; Include generic topology for ions<o:p></o:p></FONT></FONT></div>  <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">#include "ions.itp"<o:p></o:p></FONT></FONT></div>  <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><o:p><FONT face="Times New Roman" size=3>&nbsp;</FONT></o:p></div>  <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">[ system ]<o:p></o:p></FONT></FONT></div>  <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">; Name<o:p></o:p></FONT></FONT></div>  <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">ALPHA-THROMBIN (E.C.3.4.21.5) COMPLEX W in water<o:p></o:p></FONT></FONT></div>  <div
 class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><o:p><FONT face="Times New Roman" size=3>&nbsp;</FONT></o:p></div>  <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">[ molecules ]<o:p></o:p></FONT></FONT></div>  <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">; Compound<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>#mols<o:p></o:p></FONT></FONT></div>  <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">Protein_H<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>1<o:p></o:p></FONT></FONT></div>  <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">Protein_L<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>1<o:p></o:p></FONT></FONT></div>  <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm
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