<div>Hi,</div>  <div>&nbsp;</div>  <div>Thank you for your advices.<SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'; mso-fareast-font-family: 'Times New Roman'; mso-ansi-language: TR; mso-fareast-language: TR; mso-bidi-language: AR-SA">The A-chain is topologically similar to the activation peptide of chymotrypsin(ogen) and connected in a similar manner through the Cys1–Cys122 disulfide bridge to the B-chain. Most of the A-B chain interactions involve charged side chains; six are buried salt bridges, and 10 are involved in interchain hydrogen bonds .In VMD I saw the two chains split up at atime and then get together.I only know that I should &nbsp;write -merge in pdb2gmx line.According to the informations above how can you help me?</SPAN></div><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'; mso-fareast-font-family: 'Times New Roman'; mso-ansi-language: TR; mso-fareast-language: TR; mso-bidi-language: AR-SA">  <DIV class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm
 0cm 0pt 18pt; TEXT-INDENT: -18pt"><FONT face="Times New Roman"><SPAN style="COLOR: fuchsia"><SPAN><FONT size=3>1.</FONT><SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN></SPAN></SPAN><SPAN style="COLOR: fuchsia"><FONT size=3>pdb2gmx_mpi -f 1ppbfree.pdb -p 1ppbfree.top -o<SPAN>&nbsp; </SPAN>1ppbfree.gro<SPAN>&nbsp; -merge</SPAN></FONT></SPAN></FONT></DIV>  <DIV class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; COLOR: fuchsia; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'">2.editconf_mpi -f 1ppbfree.gro -o -d 0.8 -bt octahedron</SPAN></SPAN></DIV>  <DIV class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt 18pt; TEXT-INDENT: -18pt"><FONT face="Times New Roman"><SPAN style="COLOR: fuchsia"><SPAN><FONT size=3>3.</FONT><SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN></SPAN></SPAN><SPAN style="COLOR: fuchsia"><FONT size=3>genbox_mpi -cp out.gro -cs -p 1ppbfree.top -o
 1ppbfree-gen.gro</FONT></SPAN></FONT></DIV><FONT face="Times New Roman"><SPAN style="COLOR: fuchsia"><FONT size=3>  <DIV class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt 18pt; TEXT-INDENT: -18pt"><SPAN style="COLOR: fuchsia"><SPAN>4.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN></SPAN></SPAN><SPAN style="COLOR: fuchsia">grompp_mpi -v -f 1ppbfree-en.mdp -c 1ppbfree-gen.gro -o 1ppbfree-en.tpr -p 1ppbfree.top</SPAN></DIV>  <DIV class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt 18pt; TEXT-INDENT: -18pt"><SPAN style="COLOR: fuchsia"><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; COLOR: fuchsia; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'">5.mdrun_mpi -v -s 1ppbfree-en.tpr -o 1ppbfree-en.trr -c 1ppbfree-aftermin.gro -g 1ppbfree-en.log -e 1ppbfree-en.edr</SPAN></SPAN></DIV></FONT></SPAN></FONT>  <DIV>&nbsp;</DIV></SPAN>  <div><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'; mso-fareast-font-family: 'Times New Roman'; mso-ansi-language: TR; mso-fareast-language: TR;
 mso-bidi-language: AR-SA"></SPAN>&nbsp;</div><p>&#32;

<hr size=1><a href="http://us.rd.yahoo.com/evt=49935/*http://games.yahoo.com">Bored stiff?</a> Loosen up...<br><a href="http://us.rd.yahoo.com/evt=49935/*http://games.yahoo.com">Download and play hundreds of games for free</a> on Yahoo! Games.